分类目录归档：组学教程

2023
05-20

3分钟带你看懂代谢组学研究中常用的“套路”

上一周谷君给大家介绍了“”，获得了大家的广泛好评。但是懂行的人都知道，代谢组学的研究纷繁复杂、种类繁多，实验得到的数据量也相当惊人。那么如何在代谢组学的研究中理出头绪呢？今天谷君整理了一些常用的“套路”，希望能够给大家一些启发。一：代谢组学分析流程一般来说，代谢组的分析流程有：首先将代谢组分进行预处理， 预处理的方法由测量分析方法决定，如使用质谱方法分析，则需要预先对代谢...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
05-15

手把手教你从转录组数据中筛选关键基因

转录组分析最重要的目的之一就是筛选候选基因，那怎么从海量数据中筛选目的基因成为大家的困惑。这里小编经过归纳总结得出了下面的三种方法： 筛选关键基因的方法有3类：1.表达量﹢功能富集2.表达量﹢实验3.表达量﹢序列根据上面的三种方法不难看出，筛选关键基因的核心是表达量，其实转录组的核心就是以表达量为核心展开其他分析的，然后再附加其他一些信息，找出目标基因；最后将分析结果与研究目的巧妙融合，如果再做一... 阅 读 全 部 >
2023
05-14

4+无代码纯生信：基因家族套路解析

2021年新的开始，现在还能靠纯网页分析发高分生信吗？答案是：YES！今天给大家介绍的是去年9月份发表在 frontiers in Oncology (IF=4.848)的一篇文章，主要内容是基因家族chromobox在结直肠癌中的预后价值及免疫浸润的综合分析。 这篇文章里运用到网页工具如下：Oncomine、Gene Expression Profiling Interactive Analy... 阅 读 全 部 >
2023
05-14

带你一网搞定基因间错综复杂关系

在分子机制的研究中，寻找基因间互作网络是非常重要的。基因间的关系，又可分为蛋白与蛋白之间，蛋白与 DNA之间的相互作用、通路、生理生化反应、共表达、共定位等等。下面介绍一下GENEMANIA数据库，你想知道的数据全都有，网址 http://genemania.org/1打开网址页面如下，首先在网站左上角，有一个搜索栏2输入你想查询的基因名称，点击前面的图标可以选择物种3点击搜索后，可以看到如下界面... 阅 读 全 部 >
2023
05-14

基于短核苷酸序列频率构建细菌系统发育树

目前，原核生物的系统发育分类依赖于16S rRNA基因序列，这种序列在细菌中广泛存在且高度保守，但即使16S rDNA测序的结果显示某些细菌间序列相似性≥99%，但它们仍然不能被归为同一物种。因为基因序列中的一些保守区域并不一定代表真正的进化历史，水平基因转移也可能会影响分析结果。为此研究人员开发了一种方法，并为该方法创建了一个web应用程序Phy5，以及它的命令行版本Phy5cl...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
05-14

这篇最新二区7分 +SCI太牛了！平平无奇，零代码就能搞定？到底好在哪里 ？

今天给大家带来的复现比较经典文章是来自2区的Frontiers in Immunology杂志，影响因子高达7.5分！题目是： Hepcidin Upregulationin Lung Cancer: A Potential Therapeutic Target Associated With Immune Infiltration要素拆解题目：肺癌中铁调素升高可以作为潜在的免疫相关的治疗靶标 疾... 阅 读 全 部 >
2023
05-13

单细胞数据分析没有思路？试试细胞轨迹分析~(内附代码)

通过单细胞转录组测序技术得到海量细胞的表达矩阵，可以对细胞亚群做聚类、注释，鉴定亚群markergenes，寻找组间差异调控网络，绘制组织特异性图谱.....除了这些基本分析思路外，还有没有其他方法可以挖掘出隐藏在丰富数据里的宝藏呢？今天细胞轨迹分析告诉你~一个组织样本中同时含有处于不同分化阶段的细胞，单细胞转录组测序技术一个样本可检测上千甚至上万个细胞，记录下样本中成千上万个细胞的瞬时信息，..... 阅 读 全 部 >
2023
05-13

单细胞转录组分析之轨迹分析

在单细胞样本制备过程中，新鲜组织经历解离-离心-重悬-过滤-质控（计数和活率）-上机等步骤。这一过程具有破坏性，根据裂解后的细胞释放出的mRNA反转录成的cDNA进行测序，不可避免地导致 失去了不同细胞之间的空间位置信息和细胞分化情况。单细胞轨迹分析应运而生，轨迹分析可以通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程，帮助人们从单细胞水平推断细胞之间的演化及分化过程。简单来讲 细胞轨迹...... 阅 读 全 部 >
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