分类目录归档：组学教程

2023
05-13

单细胞时空转录组

虽然单细胞转录组测序记录的是细胞在某一个瞬时的状态，但是我们可以基于大量单细胞转录组数据的轨迹推断出细胞的动态变化过程，包括分化、成熟、对刺激的反应和细胞周期。目前，主要有两种细胞轨迹分析的方法：拟时序分析（pseudotime analysis）和 RNA速度分析（RNA velocity）。拟时序分析根据细胞表达模式的相似性将细胞按轨迹进行排列；RNA速度分析利用未拼接和拼接转录...阅读全文... 阅 读 全 部 >

2023
05-13

这篇最新二区7分 +SCI太牛了！平平无奇，零代码就能搞定？到底好在哪里 ？

今天给大家带来的复现比较经典文章是来自2区的Frontiers in Immunology杂志，影响因子高达7.5分！题目是： Hepcidin Upregulationin Lung Cancer: A Potential Therapeutic Target Associated With Immune Infiltration要素拆解题目：肺癌中铁调素升高可以作为潜在的免疫相关的治疗靶标 疾... 阅 读 全 部 >

2023
05-12

献给初学者：如何预测基因间的相互作用？

对于生物学领域的研究生来说，很多时候我们研究一个通路，或者想要知道两个基因或者多基因间的相互作用以及蛋白质之间的相互作用，该从哪下手呢？下面我想详细的介绍一个基因间相互作用的预测网站—GeneMANIA，网址： http://genemania.org。首先看 Help 里对 GeneMANIA 的简介：GeneMANIA searches many large, public...阅读全文>... 阅 读 全 部 >

2023
05-12

实用干货|单细胞转录组测序分析--cellranger分析

Cellranger 软件是 10X genomics 官方提供的配套分析软件，可以直接输入Illumina 原始数据（raw base call ，BCL)输出表达定量矩阵、降维（pca），聚类（Graph-based& K-Means）以及可视化（t-SNE）结果，结合配套的Loupe Cell Browser给予研究者更多探索单细胞数据的机会。cellrange...阅读全文>... 阅 读 全 部 >

2023
05-12

单细胞小白课堂 | 10x Genomics单细胞转录组测序入门指南

众所周知，单细胞测序已然是发表高分文章的利器，几乎每天都有不止一篇单细胞文章发表。目前，单细胞技术已经广泛应用于肿瘤，免疫，发育生物学，神经科学，细胞治疗，药物研发及动植物研究中。看着别人的单细胞文章发发发不停，不知您是否也心痒痒？其实要想开展单细胞研究并不难，今天小编就先带您了解一下最常见的单细胞转录组测序的基本流程，希望您也能尽快的开展起单细胞实验哦！送样要求迄今为止，研究的样...阅读全文&... 阅 读 全 部 >

2023
05-07

速看！单细胞测序分析流程解析来了 | 单细胞专题

10x genomic 平台可以一次捕获 1000~10000 个细胞，对于 v3 试剂，要求每个细胞至少测 20k reads，按照测序模式 PE150 进行计算，当捕获 5000 个细胞时，最少需要的数据量为 =5000×20000（reads）×300（bp）=30×109，即捕获 5000 个细胞时，至少要测 30G 的数据量。随着捕获细胞数的增加，测序量也是成倍增加，如何...阅读全文&... 阅 读 全 部 >

2023
05-07

科普 | 单细胞转录组界面在线分析工具盘点

随着单细胞转录技术以及分析方法的成熟，人们基于已经成熟的命令行或编程工具陆陆续续来发出了在线分析平台和界面工具（Windows版）。今天，为大家介绍几款单细胞转录组界面在线工具，以飨读者。也许您在入门单细胞的时候有思考过这个问题:我应该选择哪种技术来做呢？数据分析平台如何选择呢？是学习编程还是用在线的工具呢？单细胞转录组数据分析大套路分析点与工具实现单细胞数据分析工具列表：https://w...... 阅 读 全 部 >

2023
05-06

单细胞注释工具汇总

在单细胞研究中，最重要的一个环节就是细胞类型注释，这是一个极其考验研究者研究背景和精力的工作，但随着单细胞的研究越来越多，可提供给我们的细胞类型的marker信息也越来越丰富，基于这些marker信息开发的细胞注释算法使得我们的细胞注释工作越来越省力，今天就跟随小编的脚步来盘点一下最常用的细胞类型注释工具吧！SingleR：最早是来自一篇肺部巨噬细胞研究的单细胞论文，这篇文章作者用...阅读全文&... 阅 读 全 部 >

2023
05-03

一文带您全方位了解单细胞ATAC-seq

超越转录组：单细胞表观基因组学的价值？长期以来，研究人员一直在基于转录组数据来探索有关复杂细胞群体和过程的生物学见解。样本本身的异质性以及基因表达的细胞间差异促使科学家从批量（bulk）细胞的平均值测定转向单细胞RNA测序，以便更准确地描述复杂的生物系统。然而，单单凭借转录组的信息，也许无法讲述细胞的完整故事，科学家通常还想了解造成这些基因表达差异背后的原因 – 也就是说，从机理上解释通...阅读... 阅 读 全 部 >

2023
05-03

数据可视化利器——loupe browser操作宝典

一．软件介绍10X genomics 公司不仅为单细胞转录组数据分析提供了配套的 cell Ranger 软件，同时也提供了专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser，该软件是一个图形界面的软件，操作非常的方便，支持 windows 和 mac 两种操作系统，下载地址如下：https://support.10xgenomics.com/single-cell-g...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >