代谢组是对生物体内代谢产物全谱分析的一种研究手段，代谢产物包括核酸、蛋白质、脂类生物大分子以及其他小分子物质，目前主要是检测1000Da以下的物质。代谢组研究具有高通量的检测能力、高灵敏度和准确度、非侵入性、非破坏性、全面性、数据资源整合等特点。通过LC-MS/GC-MS评估生物体或细胞产生的代谢产物的水平以及变化，可以进一步研究这些代谢产物与转录组学差异基因或微生物的关系。在这个系统生物学...... 阅 读 全 部 >
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步：整体把握CHIP-seq图谱特征：peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析筛选具体差异peak和基因：差异peak鉴定、非时序数据的...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
生信分析类研究，可以说是近两年火热的科研话题了。随着大数据时代的来临，「拍脑门」想选题的时代已一去不复返，从「别人的数据中」挖掘出自己所需的研究核心已经是大势所趋。更何况，据传说——做生信分析的人可以「不做实验」、「无需编程」、「坐在电脑前」、「轻松发文章」。哇！想想都能笑出声来……忍不住暗搓搓的摩拳擦掌一番，打开一篇生信文章，一窥其真容，看看能不能从...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
众所周知，python在数据分析领域十分常用，而作为数据科学的一个分支，生物信息学也是对python偏爱有加。今天我们就来看看一个功能强大的python生信分析包——Biopython。什么？还不知道？知道又不会用？又out啦各位，现在跟着小编来一步步实现一些很实用的python分析工具吧。征服星辰实现目标预备工作学点语言 装好pyhton当然作为入门，python语言基础还是...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
撰写：生信大师兄 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信发文# #科研热点# #单基因#今天我们分享一篇文章，看单个基因的研究发到5分以上的期刊，需要做哪些工作。文章是2023年1月发表在Comput Biol Med期刊上的研究：Identification and analysis of C17...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
虽然单细胞转录组测序记录的是细胞在某一个瞬时的状态，但是我们可以基于大量单细胞转录组数据的轨迹推断出细胞的动态变化过程，包括分化、成熟、对刺激的反应和细胞周期。目前，主要有两种细胞轨迹分析的方法：拟时序分析（pseudotime analysis）和 RNA速度分析（RNA velocity）。拟时序分析根据细胞表达模式的相似性将细胞按轨迹进行排列；RNA速度分析利用未拼接和拼接转录...阅读全文... 阅 读 全 部 >
转录因子HY5（ELONGATED HYPOCOTYL5）是基本亮氨酸拉链类（basic leucine zipper，bZIP）转录因子类的转录因子，最早是在拟南芥中克隆得到[1]。HY5编码的蛋白为光敏色素下游的核心光信号调节因子，在光信号通路中具有十分重要的作用，HY5的C末端具有特殊的bZIP结构域，能够直接与基因启动子作用元件G-box（CACGTG）相结合，从而能调控基因的表达它能通过... 阅 读 全 部 >
众所周知，单细胞测序已然是发表高分文章的利器，几乎每天都有不止一篇单细胞文章发表。目前，单细胞技术已经广泛应用于肿瘤，免疫，发育生物学，神经科学，细胞治疗，药物研发及动植物研究中。看着别人的单细胞文章发发发不停，不知您是否也心痒痒？其实要想开展单细胞研究并不难，今天小编就先带您了解一下最常见的单细胞转录组测序的基本流程，希望您也能尽快的开展起单细胞实验哦！送样要求迄今为止，研究的样...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
10x genomic 平台可以一次捕获 1000~10000 个细胞，对于 v3 试剂，要求每个细胞至少测 20k reads，按照测序模式 PE150 进行计算，当捕获 5000 个细胞时，最少需要的数据量为 =5000×20000（reads）×300（bp）=30×109，即捕获 5000 个细胞时，至少要测 30G 的数据量。随着捕获细胞数的增加，测序量也是成倍增加，如何...阅读全文&... 阅 读 全 部 >