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2022
11-19

Chip差异Peak分析结果及报告

1. 概述1.1. 背景及分析流程简介为了理解细胞中更为复杂的生物过程，许多研究已在通过比较ChIP-seq的差异获得的不同数据。越来越多的ChIP-seq实验正在研究多种实验条件（例如各种治疗条件，几个不同的时间点和不同的治疗剂量水平）下的转录因子结合，组蛋白修饰的差异。差异富集在生物学和医学研究中已变得具有实际重要性。为了建立对比条件消除误差，我们对数据进行了以下流程处...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
2022
11-19

motif结果能给到我们些什么信息？

1. 背景简介1.1. 什么是motif？Motif是一段典型的序列或者一个结构。一般来说，我们称为基序。一般情况下是指构成任何一种特征序列的基本结构。通俗来讲，即是有特征的短序列，一般认为它是拥有生物学功能的保守序列，可能包含特异性的结合位点，或者是涉及某一个特定生物学过程的有共性的序列区段。比如蛋白质的序列特异性结合位点，如核酸酶和转录因子。1.2. 研究motif的意义序列基序在基因调控..... 阅 读 全 部 >
2022
11-19

Call Peak 流程简介

对于ChIP-seq实验，我们从比对文件中观察到的是链的不对称性，其中+/-链上的读取密度位于结合位点的中心。所选片段的5'末端将在正链和负链上形成基团。然后使用统计方法评估这些组的分布，并与背景（输入或模拟IP样本）进行比较，以确定富集位点是否可能是真实的结合位点。MACS2MACS2，一个基于模型分析的，常用于ChIP-seq识别转录因子结合位点的工具。 MACS算...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
11-18

这个小清新统计可视化工具太赞了~~

来 源：DataCharm/作 者：宁俊骐最近小编在查阅资料的时候发现一个超喜欢的可视化绘制工具- R-smplot，本来想着忙完这段时间给大家直播的时候再系统介绍，但随着对这个工具的学习，还是决定现在就推荐给大家。好了，话不多说，我们直接开始，今天推文的主要内容如下： R-smplot包简单介绍R-smplot包案例介绍R-smplot包简单介绍R-smplot包，s...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
10-07

R语言数据实战 | 描述分析及可视化

1、基础描述分析历史上有这样一幅著名的图，它出自1854年的克里米亚战场之中，一名叫南丁格尔的护士利用一幅扇状的玫瑰饼图展示了她所管理的野战医院里不同季节中死于不同病因的病人数变化（见图1），直观地让英国政府看到：每年死于感染的士兵数（即蓝色区域）比死于战场（红色区域）和其他原因（黑色区域）的要多得多，这才终于使得政府开始制定措施改善战地士兵的卫生条件，降低了士兵的死亡率。因此这幅图被称...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
10-06

５分钟搞定GSEA分析，你还怕什么

在某一项研究中，我们通过转录组或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱，获得了数千个基因的变化信息，如何从这些表达谱中发掘有用的信息？初步的生物信息分析可能已经给我们提供了它们之间的差异倍数，P值等等。接下来我们可以使用在线工具对基因表达的分布进行分析。这里提供一个最近更新的简单又快捷，不需要安装软件的在线分析工具：WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit。...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
10-06

常规分析找不到差异基因？GSEA分析了解一下 | 学习专栏

常规分析找不到差异基因？GSEA分析了解一下在上一期中，我们云平台的生信工程师为大家带来了一款强大的分析工具GSEA，很多老师觉得那篇稿子三分钟绘制一张优美的GSEA图 | 云平台看完后仍然意犹未尽。不过大家请不要着急，今天会带领大家对一些概念重新温习一遍。在引出今天的主角GSEA分析之前，我们先来谈一谈大家在挖掘转录组数据中，可能会遇到的一些共性问题——差异分析拿到了一大堆基因无从下手...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
10-05

还想用FPKM做差异分析？快醒醒！

很多小伙伴拿到转录组结果，都会有一个大大的疑问，明明上一步已经计算了FPKM了，为什么差异分析还是用readcount来做，我想用FPKM行不行？这里，郑重地回答你：不可以且没必要！你熟悉的DESeq，DESeq2和EdgeR都表示不同意！他们都只认readcount！首先，先让你和老朋友FPKM再重新熟悉一下：由于不同样品过滤后获得的数据量是不可能完全一致的，不同基因长...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
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