大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
snakemake是什么？大多数生物信息初学者最早接触的生物信息分析流程，大多数是用脚本语言（Perl、shell、R、Python等）将生物信息流程中的各个功能写成一个个脚本，再用大脚本套小脚本的方式将整个流程打包封装。这种方式对编程能力有很高的要求，否则很容易出现流程bug、无法监控任务运行状态、无法有效查看任务日志等问题。等实验室终于出了个大牛将这些问题都解决了，可能大牛又要毕业了，新来的生... 阅 读 全 部 >
今天要介绍一下数据挖掘，从大量已有的数据来产生新的hypothesis。正如我在ChIPseeker的文章里写的：There are increasing evidences shown that combinations of TFs are important for regulating gene expression (Perez-Pinera et al., 2013; ...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
QC ReportgeneralReport generated at2021-01-13 22:36:11TitleDemo-H3K27me3DescriptionThis is a input JSON for Demo-H3K2...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1. 概述1.1. 背景及分析流程简介为了理解细胞中更为复杂的生物过程，许多研究已在通过比较ChIP-seq的差异获得的不同数据。越来越多的ChIP-seq实验正在研究多种实验条件（例如各种治疗条件，几个不同的时间点和不同的治疗剂量水平）下的转录因子结合，组蛋白修饰的差异。差异富集在生物学和医学研究中已变得具有实际重要性。为了建立对比条件消除误差，我们对数据进行了以下流程处...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
对于ChIP-seq实验，我们从比对文件中观察到的是链的不对称性，其中+/-链上的读取密度位于结合位点的中心。所选片段的5'末端将在正链和负链上形成基团。然后使用统计方法评估这些组的分布，并与背景（输入或模拟IP样本）进行比较，以确定富集位点是否可能是真实的结合位点。MACS2MACS2，一个基于模型分析的，常用于ChIP-seq识别转录因子结合位点的工具。 MACS算...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
流程的一些关键点分析：我们的Peak是如何找出来的？Callpeak的流程（MACS2) 1. 质控 (quality control)首先要看一下ChIP-seq数据的质量，数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control，这样call peaks更准确可信， control主要有Input DNA 和 IgG两种，前一种更常用。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
领略高端套路，发表高分文章！ 小伙伴们大家好，我是菠小萝。这里是菠小萝的高分生信SCI解读专栏。说到套路，大家都是又爱又恨，简单的套路分数低，分高的套路实验多，难道就没有我们自己也能通过基础的生信和简单的实验发表的高分文章吗？2020年的12月，菠小萝将以“你也能发表的高分生信”为专题，带给大家不一样的生信套路套路~本周我要与大家分享的是一篇2018年发表在《Cell Systems》上的纯生..... 阅 读 全 部 >
来源：生物通新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新。RNA深度测序（RNA-Seq）就是其中之一，这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解，达到了前所未有的深度和广度。尽管研究细胞RNA并不是什么新鲜事，但RNA-Seq的出现大大拓展了转录组研究的规模，取得了累累硕果，这些是传统技术难以企及的。RNA-seq可以获得相当惊人的数据量，而这恰恰是一柄双...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
RNA-seq 即转录组测序技术，就是用高通量测序技术进行测序分析，反映出 mRNA，smallRNA，noncodingRNA 等或者其中一些的表达水平，寻找表达差异的基因预测或验证相关的分子机制及功能。2016 年发表在 nature protocols 上一篇关于转录本精确定量[1]的文章：文章中以 HISAT + Stringtie + Ballgrown 的...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >