分类目录归档：组学教程

2024
08-21

【干货】小基因组数据NCBI上传流程

本期小编将分享关于小基因组数据NCBI上传流程，那小基因组包含哪些基因组呢？小基因组主要包括线粒体、叶绿体、病毒、质粒等，由于这些基因组大小通常小于1M，因此统称为小基因组。基于高通量测序技术，对小基因组进行全基因组测序，可以得到其全基因组序列，并预测其重要的功能基因。基于全基因组序列，对于线粒体/叶绿体可以进一步研究物种分类、进化关系等；对于病毒、质粒可以则可以进一步研究致病性、...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2024
08-21

测序数据上传NCBI怎么又报错了？

高通量测序时代，大量的原始测序数据都流向了NCBI的SRA数据库。尽心尽责的将文章有关的测序数据上传至公共平台发布，一方面，是对生物领域科学研究的奉献，方便数据再利用，进行新探索；另一方面，可进行数据分析重现、验证等，为课题研究的真实性提供依据。 但是，很多操作过数据上传的小伙伴们都发现，认真做好这件事可真不容易，成功拿到传说中的SRA accession number（序列检索号码）仿佛经历..... 阅 读 全 部 >
2024
08-20

不看后悔！GEO数据库10X单细胞测序原始测序测序数据（fastq）下载指南来啦

每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
2024
08-19

高通量测序数据上传指南

引很多老师在写文章的时候，精力通常会放在文章中的技术或者实验细节，而疏忽原始数据上传的工作。文章准备接收时，审稿人需要老师提供文章中使用数据的登录号，一般时间要求较紧，对于没接触过数据上传的老师来说，可能会成为文章接收最后的绊脚石，为此我们撰写了一份高通量测序数据上传指南，可以让老师快速掌握数据上传的技能，助力老师文章发表。目前高通量测序原始数据通常上传到NCBI的SRA(The ...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2024
08-18

单细胞数据上传GEO操作指南

最近很多老师的单细胞文章都纷纷开始投稿，却被文章发表前的临门一脚——GEO数据上传难住了，今天我们就来一起学习下单细胞数据上传GEO的具体操作步骤吧~跟着这份操作指南，上传从此不再犯难！· GEO数据库简介 ·GEO数据库全称Gene Expression Omnibus，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库，主要用来储存二代测序、芯片以及其...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2024
08-18

GEO 数据上传指南

在完成了高通量测序分析以后，为了将用户的实验数据与全世界其它研究者共享，在用户的研究转化为论文发表之前，用户需要先向 GEO 数据库上传用户的原始数据。GEO 数据库，全称 Gene Expression Omnibus，中文直译意为“基因表达集锦”，为美国国家生物信息中心（NCBI）管理的基因表达谱和 RNA 修饰谱的数据库。今天小编就为用户介绍 GEO 数据上传的基本操作。在上传数据之前，..... 阅 读 全 部 >
2024
08-13

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文前说点悄悄话——经管君每天与大家相约，但最近微信调整了发布规则，很多小伙伴发现有时中午的内容要到晚上才能看到哦。如果不想错过或漏掉我们的重要内容，请点击本文末尾的“ 在看”，或者点击右上角“…”界面设置我们为“ 星标”，也可以多给我们的文章 评论留言，用这三种方式共赴我们的经管之约吧！ 来源：研究生科研必备转载：考博圈广大硕博研究生及科研工作者在学习工作中，少不了国内外各大学术网站的助力！今天学... 阅 读 全 部 >
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