上期我们介绍了TissueEnrich包的安装方法以及对人鼠的基因列表进行组织特异性基因富集分析，本期我们来学习 TissueEnrich 包如何鉴定组织特异性基因，本期主要用到 TissueEnrich 的 teGeneRetrieval 功能函数，该函数可探索任意物种的组织特异性表达基因。文章发表teGeneRetrieval函数：组织特异性表达基因识别在基因组学研究中，组织特...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
科研数据分析中，如何知道你的差异基因或得到的基因列表富集在什么组织中？今天分享的TissueEnrich包可以轻松帮你解答这个问题。我们一起来学习一下这个R包。文章发表TissueEnrich包简介TissueEnrich包用于计算一组输入基因中的组织特异性基因富集程度。例如，用户可以输入RNA-Seq数据中表达量最高的基因或基因共表达模块，以确定在这些数据集中的基因富集到了哪些组...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
作者：Elisa Corsiero (e dot corsiero at qmul dot ac dot uk)Queen Mary University of London, London, England译者：潘海建 上海交通大学农业与生物学院食品科学与工程系简介抗体结构免疫球蛋白（Ig）或抗体是免疫系统的重要组成部分，根据结构它们扮演了双重角色。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
Patch-seq是一种结合了膜片钳记录技术（patch-clamp electrophysiology）、单细胞转录组测序（single-cell RNA sequencing）和形态学分析的新兴技术。这种方法能够在同一个细胞中同时获得电生理特性、基因表达数据和形态学特征。2020年在细胞代谢期刊上发表了题为《Patch-Seq Links Single-Cell T...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
必备软件Aspera 插件 下载网址 ： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi“每个过程对应的网址：NCBI注册 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/申请BioProject 网址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
本期小编将分享关于小基因组数据NCBI上传流程，那小基因组包含哪些基因组呢？小基因组主要包括线粒体、叶绿体、病毒、质粒等，由于这些基因组大小通常小于1M，因此统称为小基因组。基于高通量测序技术，对小基因组进行全基因组测序，可以得到其全基因组序列，并预测其重要的功能基因。基于全基因组序列，对于线粒体/叶绿体可以进一步研究物种分类、进化关系等；对于病毒、质粒可以则可以进一步研究致病性、...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
高通量测序时代，大量的原始测序数据都流向了NCBI的SRA数据库。尽心尽责的将文章有关的测序数据上传至公共平台发布，一方面，是对生物领域科学研究的奉献，方便数据再利用，进行新探索；另一方面，可进行数据分析重现、验证等，为课题研究的真实性提供依据。 但是，很多操作过数据上传的小伙伴们都发现，认真做好这件事可真不容易，成功拿到传说中的SRA accession number（序列检索号码）仿佛经历..... 阅 读 全 部 >
每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
引很多老师在写文章的时候，精力通常会放在文章中的技术或者实验细节，而疏忽原始数据上传的工作。文章准备接收时，审稿人需要老师提供文章中使用数据的登录号，一般时间要求较紧，对于没接触过数据上传的老师来说，可能会成为文章接收最后的绊脚石，为此我们撰写了一份高通量测序数据上传指南，可以让老师快速掌握数据上传的技能，助力老师文章发表。目前高通量测序原始数据通常上传到NCBI的SRA(The ...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
最近很多老师的单细胞文章都纷纷开始投稿，却被文章发表前的临门一脚——GEO数据上传难住了，今天我们就来一起学习下单细胞数据上传GEO的具体操作步骤吧~跟着这份操作指南，上传从此不再犯难！· GEO数据库简介 ·GEO数据库全称Gene Expression Omnibus，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库，主要用来储存二代测序、芯片以及其...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >