福尔马林固定石蜡包埋的组织样本（FFPE）作为长期保存病理样本的金标准，已经存档了大量生物样品，不过这些被存档样品却因为前期固定包埋的时候，发生了核酸片段化、蛋白与核酸交联等情况，导致其价值无法被最大程度利用。随着基础研究和分子生物学相关技术的不断发展，FFPE样本的技术局限逐渐被破解，如今不仅可以在FFPE样本上开展单细胞转录组测序和空间转录组测序研究，还能同时进行空间原位多靶标蛋白检测，这..... 阅 读 全 部 >
裸花紫珠Callicarpanudiflora Hook. et Arn为马鞭草科紫珠属植物，干燥叶入药，主产于海南、广东、广西等省份，是海南省道地药材和黎药大品种，为《中国药典》2020年版唯一新增收载药材，具有消炎、解肿毒、化湿浊、止血等功效[1]。课题组前期对海南岛裸花紫珠种质资源进行调查，发现生产上尚无优势品种，人工栽培种苗大部分来源于自留种，长期以来会导致种质混杂，药材产量与质量参差不齐... 阅 读 全 部 >
学术论文共享平台Authorea的创始人Alberto Pepe、首席研究员Josh Nicholson以及加州大学-圣塔芭芭拉的科学家 Matteo Cantiello，一同撰写了一篇有有关arXiv的文章，对arXiv的历史变迁、优缺点及成功原因做了如下分享。arXiv是世界上最受欢迎的预收录论文库。自1991成立以来，arXiv允许用户自由分享发表论文。arXiv的普及使得学术论文的...阅... 阅 读 全 部 >
学术论文共享平台Authorea的创始人Alberto Pepe、首席研究员Josh Nicholson以及加州大学-圣塔芭芭拉的科学家 Matteo Cantiello，一同撰写了一篇有有关arXiv的文章，对arXiv的历史变迁、优缺点及成功原因做了如下分享。arXiv是世界上最受欢迎的预收录论文库。自1991成立以来，arXiv允许用户自由分享发表论文。arXiv的普及使得学术论文的创建..... 阅 读 全 部 >
基因是一切生命活动的源头，对于生命科学的研究，只要找到目标基因，就能针对性地开展这个基因的功能、机制以及后续表达等一系列研究。研究基因在代谢通路或某些特定疾病发生过程中的功能，对于疾病机理研究及药物研发具有非常重要的意义。近年来，CRISPR基因编辑技术以其操作简单和通用的独特优势，已发展为研究分子生物学机制的强有力工具。利用CRISPR技术建立可能与某类功能相关的突变体库，通过功能性筛选和...... 阅 读 全 部 >
最近CRISPR文库火“出圈”了，小源在这里整理了一份CRISPR文库速记攻略，帮助你快速了解CRISPR文库！攻略主要包括以下几个部分：1. CRISPR文库简介2. CRISPR文库有哪些应用？2.1筛选癌症治疗相关靶点2.1.1识别肿瘤驱动基因2.1.2筛选合成致死基因对2.1.3筛选肿瘤耐药基因2.2筛选病毒感染相关的宿主因子2.3其他（信号通路、抗...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
近期，中国农业科学院畜牧研究所分别在DNA Research以及Scientific Reports上发表了关于贵州小型猪circRNA及lncRNA的相关研究。两篇文章分别从lncRNA和circRNA两方面进行系统的鉴定、特征分析等，构建了全面的基因转录图谱，并进一步揭示了转录后调控的机制。值得注意的是，两篇文章都是基于同一批样本一次建库获得的数据结果。1次测序，2篇文章产出，怎么实现的呢..... 阅 读 全 部 >
这段时间许多童鞋在后台问，TRIzol裂解的细胞能做翻译组测序（Ribo-seq）吗？今天统一回复下。图 (A)核糖体保护mRNA足迹不被消化；(B)将足迹与基因组比对，可以显示出哪些mRNA正在翻译以及翻译水平高低上图是Ribo-seq简化的实验流程图。Ribo-seq实验是这样做的：快速收获细胞并裂解，保持体内核糖体结合mRNA的位置。然后用RNase I对细胞裂解液进行消化处理（Nucl..... 阅 读 全 部 >
首先，让我们先回顾一下分子生物学的基本知识。人类细胞中的DNA序列长度约1828.8毫米，而细胞核的直径只有5微米，那么，如何将这些DNA装入核中是细胞面临的一个巨大挑战。好在DNA并不是裸露地存在于细胞核中，它们由核小体折叠缠绕，形成可以调节的结构。这就意味着DNA序列不能简单地理解为按照一维线性排列，而应该是具有三维折叠和环套状态的结构。我们知道DNA重测序，转录组测序，甲基化...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
前段时间为大家介绍过绝对定量转录组测序可以为研究工作带来的改善，你还记的吗？图1 绝对定量转录组测序建库原理绝对定量转录组测序是这样做的：使用含有UMI标签（或Barcode）的接头与cDNA连接，然后进行PCR文库扩增和上机测序（图1）。定量更准确由于每个cDNA扩增产物都带有unique的UMI标签，在数据分析时，通过识别UMI标签，就可以容易地识别哪些序列是PCR扩增产生的（相同的UMI），... 阅 读 全 部 >