近期，中国农业科学院畜牧研究所分别在DNA Research以及Scientific Reports上发表了关于贵州小型猪circRNA及lncRNA的相关研究。两篇文章分别从lncRNA和circRNA两方面进行系统的鉴定、特征分析等，构建了全面的基因转录图谱，并进一步揭示了转录后调控的机制。值得注意的是，两篇文章都是基于同一批样本一次建库获得的数据结果。1次测序，2篇文章产出，怎么实现的呢？
下面小编结合2篇文章的主要内容及整体研究思路，了解作者是如何设计文章的。
思 路 总 结
首先选取贵州小型猪9个组织（心脏，肝脏，脾脏，肺，肾，卵巢，睾丸，肌肉和脂肪）以及3个发育时期（出生后0d，30d，240d）的骨骼肌样本分别构建去rRNA的链特异性文库，一次性获取了mRNA、lncRNA以及circRNA共3部分的数据，并进行了全基因组范围内lncRNA及circRNA的鉴定和特征分析，保守性分析，以及组织、时空特异性分析，关联分析等。
结 果 展 示
猪lncRNA时空表达及遗传保守性分析
S.scrofa lncRNA鉴定及特征分析
鉴定了10,813个lncRNA，其中多数（78%）为基因间区转录本（lincRNAs）。特征分析显示，S.scrofa lncRNA平均长度、外显子数量以及表达量显著低于蛋白编码基因。
S.scrofa lncRNA 组织及时空特异性分析
lncRNA组织特异性明显高于蛋白编码基因，其中睾丸和卵巢组织中组织特异性lncRNA占比最高（68.8%），表明lncRNA在生殖发育过程中具有潜在作用。通过比较3个不同发育阶段骨骼肌lncRNA的变化，筛选出1405个发育特异性lncRNA。
S.scrofa lncRNA保守性分析
与人鼠lncRNA相比较，6213个lncRNA在三物种中保守。物种保守的lncRNA往往比S.scrofa特异性lncRNA具有更高的组织特异性。另外，睾丸组织中含有最高比例的保守性lncRNA（~50%）。
保守性lncRNA及蛋白编码基因共表达网络分析
保守性lncRNA及相关蛋白编码基因WGCNA分析显示，共聚成25个基因模块，筛选相关性最强的模块进行分析。GO富集分析显示，S.scrofa lncRNA共表达的蛋白编码基因主要参与骨骼肌发育过程。
不同组织及发育时期猪circRNA分析
circRNA鉴定及特征分析
鉴定5,934个circRNA，circRNA大多处于编码区（68.40%）和基因间区（21.93%），当然也有部分在UTR区域。家猪的circRNA中位数为509bp，人的是547bp。71.5%的circRNA 长度短于2Kb，GC含量为42.67%。
家猪、人和小鼠circRNA序列保守性分析
多于20.2%的猪circRNA跟人具有直系同源性，16.96%跟小鼠具有同源性，表明家猪的circRNA跟小鼠和人的circRNA发挥着相同的功能。
S.scrofa circRNA 潜在作为miRNA的海绵结构
circRNA可能是在调控RNA表达时发挥miRNA的海绵作用。miRNA和circRNA的结合位点分析共鉴定出1842个circRNA跟miRNA进行结合（符合三个预测软件标准的）。
circRNA 组织特异性表达及骨骼肌发育特异性
circRNA相对表达水平较低，具有明显的组织特异性，其中睾丸的circRNA是脾脏的九倍以上。GO及KEGG结果显示，心脏中特异性circRNA与肌肉发育、细胞分化以及心肌病、心肌收缩、wnt信号通路等相关。
不同发育阶段肌肉组织中共鉴定出1489个circRNA ，其中D0与D240的circRNA更相近。骨骼肌中最丰富的circRNA起源于骨骼肌生长和肥大相关的蛋白编码基因。
S.scrofa circRNA数据库的构建
整合circRNA注释、circRNA表达、潜在的circRNA功能和circRNA-miRNA-基因相互作用，最终构建了S.scrofa的circRNA数据库，为哺乳动物circRNA研究提供全面的数据信息。
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参考文献：
[1] Tang Z, Yang W, Yang Y, et al. Comprehensive analysis of long non-coding RNAs highlights their spatio-temporal expression patterns and evolutional conservation in Sus scrofa [J]. Sci Rep, 2017, 7:43166.
[2] Liang G, Yang Y, Niu G, et al. Genome-wide profiling of Sus scrofa circular RNAs across nine organs and three developmental stages.[J]. Dna Research An International Journal for Rapid Publication of Reports on Genes & Genomes, 2017.
文案：RNA产品经理 王亚男- 本文固定链接: https://maimengkong.com/zu/1603.html
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