ircRNA、lncRNA、miRNA等调控性ncRNA可通过与protein、RNA或DNA分子互作，发挥其多样化的调控功能。如何搞定调控性ncRNA研究方案？----四步足以。第一步确定ncRNA研究目标一般可通过以下三种方法，确定研究目标：（1）通过查阅文献，寻找线索，嫁接研究对象，照猫画虎；（2）通过生物信息学，分析挖掘GEO、TCGA等数据库相关数据，发现潜在研究目标；（3）通过RNA测... 阅 读 全 部 >
近期，中国农业科学院畜牧研究所分别在DNA Research以及Scientific Reports上发表了关于贵州小型猪circRNA及lncRNA的相关研究。两篇文章分别从lncRNA和circRNA两方面进行系统的鉴定、特征分析等，构建了全面的基因转录图谱，并进一步揭示了转录后调控的机制。值得注意的是，两篇文章都是基于同一批样本一次建库获得的数据结果。1次测序，2篇文章产出，怎么实现的呢..... 阅 读 全 部 >
摘自生信草堂今天的文章中我给大家介绍环状RNA预测的另一款重要的软件——CIRCexplorer2. 该软件是由中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组和计算生物学研究所杨力研究组共同开发的，他们团队已经在《Cell》, 《Mol Cell》和《Genome Res》等国际顶尖杂志发表多篇环状RNA研究文章。CIRCexplorer2继承...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
circRNA 如何预测其靶基因？在完成与参考基因组的比对后，我们的流程从宿主基因中进行circRNA的鉴定，并计算排名。 对于鉴定结果的宿主基因，即为circRNA的靶基因。对于具有circRNA鉴定结果，并在两组间存在显著差异结果的genelist，后续我们对其进行了富集分析。circRNA分析流程如下：circ鉴定结果展示如下：IGV示意如下...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1. CircRNA背景及分析流程简介1.1. 背景简介环形RNA是一类在真核生物中广泛存在的具有特殊环状结构的非编码RNA分子。已有文献表明，在生物体内，环形RNA有着miRNA海绵、RBP海绵以及翻译短肽等多项功能，在许多生物学过程中发挥着重要作用。目前研究表明，大部分环形RNA来源于蛋白编码基因的外显子区域。在pre-mRNA剪接的过程中，除典型的内含子剪接事件外，还...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
文库构建样品质检合格后，Input样品，使用去核糖体转录组建库，IP样品，核糖体含量低，采用全转录组建库。文库构建完成后，随后使用 Agilent 2100 Bioanalyzer 对文 库大小范围进行检测，插入的目的片段大小符合预期后，使用 Q-PCR 方法对文库的有效浓度进行准确定量（文库有效浓度 ＞3nM），以保证文库质量库检合格后，将不同文库按照有效浓度及目标下机数据...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
by 老马上几期我们介绍了lncRNA的研究：1）什么鬼，lncRNA原来这么分析？2）实例解读|高分文章|lncRNA-miRNA作用于心脏肥大；3）实例解读| lncRNA在胃癌中的作用；4）最全长链非编码RNA数据库介绍（上）；5）GWAS+lncRNA是否能成为后基因组研究的宠儿？反映不错！大家对lncRNA的研究很感兴趣。这一期小编继续为大家分享一篇lncRNA+miRNA+m...阅读... 阅 读 全 部 >
2017年发表的文章《CircView: a visualization and exploration tool for circular RNAs》曾对近几年发表的circRNA文章数目进行统计。统计发现早在20世纪90年代circRNA的文章就有报道，但是低迷很长一段时间。2013年预测circRNA工具的文章发表，使得2013年成为circRNA研究的转折点，当年发...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
环状RNA的定义是什么？circRNAs（Circular RNAs，环形RNA分子）是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。环状RNA研究的历史？1971年。研究者在马铃薯纺锤块茎病的研究中，发现类病毒（Viroids）能侵染植株并导致死亡。与病毒不同的是，类病毒没有蛋白质外壳包被，基因组是单链、闭合、RNA分子。1979年洛克菲勒..... 阅 读 全 部 >