上一期我们介绍了Rstudio的安装：详细教程 | 手把手教你安装Rstudio部署生信环境 本期我们一起来认识下Rstudio的界面探索 RstudioRStudio是一个集成开发环境（IDE），为R语言设计，提供了编写、测试和调试R代码所需的所有工具。其界面设计旨在提高R语言开发者的效率，包含多个面板和选项卡，每个都有特定的功能。以下是对RStudio界面主要部分...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
跟着Nature Communication学绘图之Figure 1的绘制大家好，我是阿琛。在前面讲解的内容中，我们学习了数据的预处理，构建Seurat对象，以及后续的降维分析处理及其可视化过程。接下来，我们来看下如何对PCA分析得到的结果进行可视化展示，以及GSEA分析。可以看到，在图中，图c为PCA分析得到的cPC 特征值按等级排序，包括19,188 个特征值。图d为肿瘤样本在 cPC2 上的... 阅 读 全 部 >
作者简介taoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/简介本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：heatmap():用于绘制简单热图的函数heatmap.2():绘制增强热图的函数d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包ComplexHeatmap:用于绘制...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
往期我们学习过一个表达趋势折线图+模块热图+GO富集注释的组合类图表绘制，详情可戳：《炫一个模块热图+GO功能富集组合图展示空间功能特征！》 ，后期图表美化主要使用AI完成，如下图。这两天看到另一个比较有意思的R包ClusterGVis，可以同时完成聚类+富集，并生成发表级的组合图表，效果如下。非常方便省事，适合懒人。下面就来学习一番！#相关R包下载与载入：devtools::install_gi... 阅 读 全 部 >
正常情况下，我们绘制的常规热图都是直直的，这样更便于我们进行数据的展示和阅读；但上周收到小伙伴的问题：能不能把热图“卷”起来，绘制环状的热图？当然也是可以的，我们先看几个文献中的案例：（ BMC Genomics ，2018） （ Microbial Biotechnology , 2017） （ Cell ，2021） 环状热图我们也经常会在论文中看到，用法和热图相同，但更适合于需要展示较多基因... 阅 读 全 部 >
R语言栅格时间序列回归分析——整体和逐像元计算，并行计算前面给大家分享了 2001-2020年1km分辨率中国降水量数据 ，有同学问如何做回归分析，接下来以一元线性回归举例，从整体上和逐像元两种方法来计算。使用的R语言程序包terra 包，栅格计算，支持并行计算tidyverse 包，R语言数据处理可视化必备，内含 ggplot2ggpmis...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
生信分析类研究，可以说是近两年火热的科研话题了。随着大数据时代的来临，「拍脑门」想选题的时代已一去不复返，从「别人的数据中」挖掘出自己所需的研究核心已经是大势所趋。更何况，据传说——做生信分析的人可以「不做实验」、「无需编程」、「坐在电脑前」、「轻松发文章」。哇！想想都能笑出声来……忍不住暗搓搓的摩拳擦掌一番，打开一篇生信文章，一窥其真容，看看能不能从...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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