火山今始见,突兀蒲昌东。——岑参《经火山》 大家好，我是阿琛。当我们通过分析得到基因在不同分组中的表达情况，以及显著上调或下调的差异基因时，如何将该结果进行可视化展示随之出现。在生信分析中，火山图和热图是两种最为常见的展示方法。火山图，Volcano Plot，因其形状类似喷发的火山而得名。1.R包得安装与读取首先，自然是R包的选择与安装。经过多期内容的讲解，相信大家对于R语言绘图也基本有了一个基... 阅 读 全 部 >
误差线通常用于统计或科学数据中，显示潜在的误差或相对于系列中每个数据标志的不确定程度。一般通用的误差线为标准差（平均偏差）或标准误差。今天介绍两种使用R语言添加误差线的方法，分别是大家常用的ggplot2和基于它的ggpubr。方法A首先介绍大家比较熟悉的ggplot2包第一步：包的安装和数据准备这里使用R中的范例数据集：ToothGrowth。它描述了维他命C...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1. 背景简介1.1. 什么是motif？Motif是一段典型的序列或者一个结构。一般来说，我们称为基序。一般情况下是指构成任何一种特征序列的基本结构。通俗来讲，即是有特征的短序列，一般认为它是拥有生物学功能的保守序列，可能包含特异性的结合位点，或者是涉及某一个特定生物学过程的有共性的序列区段。比如蛋白质的序列特异性结合位点，如核酸酶和转录因子。1.2. 研究motif的意义序列基序在基因调控..... 阅 读 全 部 >
堆叠图简直是万能大法有没有！在各类微生物群落及目前大热的单细胞组学研究的文章中，堆叠图可以说是不可或缺的。我们先一起欣赏下高分文章中的那些好看的柱状堆叠图：Fig1（ Nat Biotechnol ，2021） Fig2（ Nature Cancer ，2021） 这一类图表将不同分组/样本中所有分类数据进行堆叠，并以百分比堆叠柱状图或者常规堆叠柱状图的形式进行展现，从而直观看出各个分类数据在不同... 阅 读 全 部 >
TCGA是目前最大的癌症基因信息数据库，通过TCGA不仅可以验证你的实验结果，还可以寻找新的研究方向，围绕TCGA已经有很多重量级文章出现，对它的使用愈发重要。目前使用的方法有两种，一是利用一些在线工具进行检索和查询，例如cBioPortal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp）。二是下载肿瘤的三级数据，自行进行分析。在使用这...... 阅 读 全 部 >
来 源：DataCharm/作 者：宁俊骐最近小编在查阅资料的时候发现一个超喜欢的可视化绘制工具- R-smplot，本来想着忙完这段时间给大家直播的时候再系统介绍，但随着对这个工具的学习，还是决定现在就推荐给大家。好了，话不多说，我们直接开始，今天推文的主要内容如下： R-smplot包简单介绍R-smplot包案例介绍R-smplot包简单介绍R-smplot包，s...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
作者：严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。严涛老师的绘图教程还有：gganimate | 诺奖文章里面的动图绘制教程来了！！ggplot2学习笔记之图形排列 R包ggseqlogo |绘制序列分析图 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)简介ggridges包主要用来绘制山峦图。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
关于柱形图的实用性和重要性这里就不再过多赘述，通过Excel、Origin、GraphPad Prism等常见科研绘图软件都能够比较轻松获得所需样式的柱形图。但是，在当下内卷的科研环境中，普通的柱形图和条形图显然不够看，那么如何让自己的柱形图更加出彩呢？之前为大家分享过当前一些高分期刊中常用到的变种柱形图表的绘制方法，详细可见推文：《给你的柱形图“烫个头”，跟上科研大佬们的时尚步伐！》...阅读全... 阅 读 全 部 >
Thomas Lin Pedersen简直是个天才，最近patchwork动作很大，看到我都准备转投它的怀抱，把旧爱cowplot给扔了。我们知道patchwork一出来，就推出+号来拼图，最近又搞出了|和/两个操作符。让整个拼图看起来很舒服。先来画几张图：library(ggplot2)p1 <-ggplot(mtcars) +ge...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/公众号：生信大讲堂上次提了下theme(),本文将专门讲解一下。凡是与数据无关的图形设置可以归为主题类，ggplot2中主题设置十分多，根本不可能讲解完，只能稍微讲点皮毛，灵活运用才是关键，本文只是总体上略作介绍。正如R语言大神Hadley Wickham..... 阅 读 全 部 >