上期我们介绍了TissueEnrich包的安装方法以及对人鼠的基因列表进行组织特异性基因富集分析，本期我们来学习 TissueEnrich 包如何鉴定组织特异性基因，本期主要用到 TissueEnrich 的 teGeneRetrieval 功能函数，该函数可探索任意物种的组织特异性表达基因。文章发表teGeneRetrieval函数：组织特异性表达基因识别在基因组学研究中，组织特...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
科研数据分析中，如何知道你的差异基因或得到的基因列表富集在什么组织中？今天分享的TissueEnrich包可以轻松帮你解答这个问题。我们一起来学习一下这个R包。文章发表TissueEnrich包简介TissueEnrich包用于计算一组输入基因中的组织特异性基因富集程度。例如，用户可以输入RNA-Seq数据中表达量最高的基因或基因共表达模块，以确定在这些数据集中的基因富集到了哪些组...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
上一期我们介绍了R语言数据读取的方法，这期我们一起全面了解下R语言的数据与图像输出的方法。在数据分析和可视化过程中，输出数据和图像至关重要。R语言提供了丰富的函数和包，用于导出数据文件和生成多种格式的图像文件。本期我们一起了解常见的数据和图像输出方法。R语言中的数据与图像输出方法一、数据输出方法Rstudio输出数据Rstudio输出数据非常简单，在Environment窗口中点击...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
上期我们安装好了R语言及RTools，本期我们接着安装Rstudio。在安装Rstudio之前建议已经安装好了R语言，可参考上期内容：详细教程 | 手把手教你安装R语言及RTools 1 RStudio 简介RStudio 是一个专为 R 语言设计的集成开发环境(IDE),旨在提供一个高效、直观和功能丰富的工作空间,以帮助统计学家、数据科学家和分析师进行数据分析、编程...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1R语言简介R语言是一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图以及数据挖掘。R由新西兰奥克兰大学的统计学家罗斯·伊哈卡和罗伯特·杰特曼开发，现在由R核心小组负责开发，同时也有其他用户编写了诸多外挂的软件包。R以S语言为基础，其词法作用域语义来自Scheme。R的后台程序大多由C语言、FORTRAN语言和R自己写成。在TIOBE2022年1月对编程语言人气的排名中，R排名第12...阅读... 阅 读 全 部 >
跟着Nature Communication学绘图之Figure 1的绘制大家好，我是阿琛。在前面讲解的内容中，我们学习了数据的预处理，构建Seurat对象，以及后续的降维分析处理及其可视化过程。接下来，我们来看下如何对PCA分析得到的结果进行可视化展示，以及GSEA分析。可以看到，在图中，图c为PCA分析得到的cPC 特征值按等级排序，包括19,188 个特征值。图d为肿瘤样本在 cPC2 上的... 阅 读 全 部 >
由于文章的需要，需要对LD block进行修改，之前是用HaploView进行绘制的，但是调整不了出图参数，故尝试使用R包LDheatmap重新绘制。首先是LDheatmap的安装，由于其依赖包 snpStats在Bioconductor 上，故先安装该包，再安装 LDheatmapif (!requireNamespace("BiocManager",...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
撰写： 小高 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文#今天笔者带来的是一篇整合分析RNA-Seq和ChIP-Seq的文章。RNA-seq是用于分析不同细胞类型和状态的差异基因表达的重要工具，基因表达受到多种机制的调控，包括表观遗传学上的翻译后的组蛋白修饰，这可以通过ChIP-Seq获得。单独分析...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
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