在当今生物信息学飞速发展的时代，如何快速找到适合自己的分析工具、获取最新的技术资源，成为了每位研究者都关心的问题。今天要向大家介绍的是生物信息学领域的重要资源网站——Bioconductor(https://www.bioconductor.org/)。相信会安装R包的小伙伴一定听说过BiocManager包，之前我们也有提到过：。本次我们详细讲解一下提供BiocManager包的...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
R语言是一种开源的统计编程语言，主要用于数据分析、统计建模和数据可视化。自20世纪90年代开发以来，R在数据科学和生物信息学等领域获得了广泛应用，其丰富的包资源和开源社区的活跃支持使其在数据分析工具中脱颖而出。上次我们介绍了R包的安装方法，这次我们一起来学习R语言导入数据的7种方法。R语言的界面R语言中数据输入与读取方法数据输入与读取是数据分析的第一步，R语言为此提供了多种便捷的工...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
1R语言简介R语言是一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图以及数据挖掘。R由新西兰奥克兰大学的统计学家罗斯·伊哈卡和罗伯特·杰特曼开发，现在由R核心小组负责开发，同时也有其他用户编写了诸多外挂的软件包。R以S语言为基础，其词法作用域语义来自Scheme。R的后台程序大多由C语言、FORTRAN语言和R自己写成。在TIOBE2022年1月对编程语言人气的排名中，R排名第12...阅读... 阅 读 全 部 >
作者简介taoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/简介本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：heatmap():用于绘制简单热图的函数heatmap.2():绘制增强热图的函数d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包ComplexHeatmap:用于绘制...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
R语言栅格时间序列回归分析——整体和逐像元计算，并行计算前面给大家分享了 2001-2020年1km分辨率中国降水量数据 ，有同学问如何做回归分析，接下来以一元线性回归举例，从整体上和逐像元两种方法来计算。使用的R语言程序包terra 包，栅格计算，支持并行计算tidyverse 包，R语言数据处理可视化必备，内含 ggplot2ggpmis...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
上一篇文章《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变数据下载和可视化》主要以TCGA-LUAD为例介绍突变数据和临床数据的下载、处理以及简单的可视化。这篇文章更详细介绍可以利用maftools对肿瘤MAF格式的突变数据做哪些分析。还和上篇一样，先用maftools把数据读入具体的数据下载和处理方法这里就不再赘述了，请移步上篇文章：《肿瘤变异数据分析和可视化工具m...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
这一周R语言学习，记录如下。01行去重操作在一个实际数据项目，获取数据后，发现数据的行（样本）有重复，需要把重复行删除掉。dplyr包distinct函数，可以做行去重。# dplyr包library(dplyr)data <- data.frame(Column1 = c( 'P1', 'P1', 'P2', 'P3', 'P1'...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1 什么是整洁数据？2 tidyverse怎么使用？tidyverse是由RStudio首席科学家Hadley Wickham开发的R套装的集合。 这些包作为大数据分析管道的一部分可以很好地协同工作。要了解这些工具及其协同工作的更多信息，请阅读R for data science。 对于R的新手，请查看我之前的Storybench教程：RStudio笔记本中的R入门。以下教程将介绍...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
taoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/公众号：生信大课堂绘制带有误差棒的条形图library(ggplot2)#创建数据集df <- data.frame(treatment = factor(c(1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3)),response = c(2, 5, 4, 6, 9, 7, 3, 5... 阅 读 全 部 >
tidyverse包是一个R包集合，在数据导入，数据整理和变换，数据可视化等领域提供了数据科学的解决方案。 tidyverse包可以让数据科学家，统计学家和数据分析师等数据工作者更有效率地从事数据的研究和实践。 tidyverse包是RStudio的首席科学家Hadley Wickham创建的。 tidyverse包遵循数据科学工作流程，为使用者提供一个有效的，可以不断迭代和完善的工作方法和实践步... 阅 读 全 部 >