LDHEATMAP包的使用

由于文章的需要，需要对LD block进行修改，之前是用HaploView进行绘制的，但是调整不了出图参数，故尝试使用R包LDheatmap重新绘制。

首先是LDheatmap的安装，由于其依赖包 snpStats在Bioconductor  上，故先安装该包，再安装 LDheatmap

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("snpStats")
 install.packages("LDheatmap")

安装完成后可以尝试使用其测试集CEUData进行尝试，该数据集包含CEUSNP、CEUDist两个集合， CEUSNP 为SNP数据，其中每行为一个样本，每列为一个SNP， CEUDist 则是对应SNP的位置

data(CEUData) # 包含CEUSNP、CEUDist 
rgb.palette <- colorRampPalette(rev(c("blue", "orange", "red")), space = "rgb") # 设置颜色 
MyHeatmap <- LDheatmap(CEUSNP, genetic.distances = CEUDist, color = rgb.palette(18),flip=T)

需要注意的是，如果是用自己的数据， SNP数据集中每列的类型是”genotype” “factor”，所以需要使用genetics包进行转换，由于该包是 LDheatmap 的依赖包，所以我们不需要重新安装，直接使用即可，如下所示，其中mydata为你的数据集（ 其中每行为一个样本，每列为一个SNP ）

library(genetics)
for(i in 1:ncol(mydata)){
   mydata[,i]<-as.genotype(mydata[,i]) 
 }

测试数据集效果