连锁不平衡图的绘制

连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称“倒三角”图。

本文使用自己的数据，因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易，但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”，我替你们趟了。。。

一 、载入R包数据

数据为内置CEUData保存后，进行了“细微”的处理（去掉SNP碱基之间的“/”），因为这种基因型形式文件很常见；

library("LDheatmap")

#读入数据

SNP <- read.csv("CEUSNP.csv",header = TRUE)

pos <- read.csv("CEUDist.csv",header= TRUE)

#查看数据

head(pos)

SNP[1:4,1:4]

二、 绘制连锁不平衡图

2.1 直接绘制SNPpos <- pos$x

LDheatmap(SNP, SNPpos,color = grey.colors(20))

Error in LDheatmap(SNP, SNPpos, color = grey.colors(20)) :

column 1 is not a genotype object

额， 也许是因为没有“/”的原因，加上试试？

2.2 碱基型之间加“/“

怎么加呢？首先想到 Tidyverse|数据列的分分合合，一分多，多合一 的 separate 和 unite ，可是没有分隔符。。

经高人指点 ，使用替换的方式，解决方法很多。此处使用R-do包的函数

library(do)

df <- na.omit(SNP)

#A,C,G ,T 替换为A/,C/,G/,T/

df1 = do::Replace(df,pattern = c("A:A/","C:C/","G:G/","T:T/"))

#去掉最后的/

SNPdata <- do::Trim(df1,"/")

SNPdata[1:4,1:4]

rs4615512 rs2283089 rs1894731 rs2283092

1 T/C C/C A/A T/T

2 T/C C/T A/A T/T

3 T/C C/C A/A T/T

5 T/C C/C A/A T/T

加上了，再次绘图

LDheatmap(SNPdata, SNPpos,color = grey.colors(20))

Error in LDheatmap(SNPdata, SNPpos, color = grey.colors(20)) :

column 1 is not a genotype object

额 ，还是不行，同样的报错。检索报错，尝试转换数据格式。

2.3 碱基型转为genotype object

使用genetics包的函数转化

library("genetics")

for(i in 1:ncol(SNPdata)){

SNPdata[,i]<-as.genotype(SNPdata[,i])

}

LDheatmap(SNPdata, SNPpos,color = grey.colors(20))

额 ，，，终于可以了。。。

三 图形调整，优化3.1 调整颜色，更改标题，标示SNP名称color.rgb <- colorRampPalette(rev(c("white","red")),space="rgb")

## 绘制连锁不平衡图

names <- c("rs1111183", "rs2237789", "rs2299531")

LDheatmap(SNPdata, SNPpos,

color=color.rgb(20),

title = "DEU Pairwise LD",

SNP.name=names,flip=TRUE)

3.2 使用grid调整SNP标记名称字体大小、颜色

library(grid)

grid.edit(gPath("ldheatmap", "geneMap","SNPnames"),

gp = gpar(col="black",lwd = 1,cex=0.7))

所谓的”倒三角图“完成，haploview软件也很好看，且有block，批量也许不太友好，见仁见智了！

转自：基迪奥

最后编辑：2023-04-23

作者：萌小白

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