2023
04-23
04-23
群体遗传分析—LD连锁不平衡
群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。在很多的遗传进化GWAS的文章中都会出现LD衰减及单体型block图，如果你还不是很了解的话，是时候补补课了哦～～LD概念当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡状态（linkage disequilibri...阅读... 阅 读 全 部 >
连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称“倒三角”图。本文使用自己的数据，因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易，但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”，我替你们趟了。。。一 、载入R包数据数据为内置CEUData保存后，进行了“细微”的处理（去掉SNP碱基之间的“/”），因为这种基因型形式文件很常见；library("LDheatmap")#读入数据SNP .....