连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）分析是群体遗传学研究中常见的分析内容，也是关联分析的基础，在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图，接下来一起连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）初探。图1 水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块1、LD的概念当位于某一座位的特定等位基因与另一座位...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。在很多的遗传进化GWAS的文章中都会出现LD衰减及单体型block图，如果你还不是很了解的话，是时候补补课了哦～～LD概念当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡状态（linkage disequilibri...阅读... 阅 读 全 部 >
连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称“倒三角”图。本文使用自己的数据，因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易，但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”，我替你们趟了。。。一 、载入R包数据数据为内置CEUData保存后，进行了“细微”的处理（去掉SNP碱基之间的“/”），因为这种基因型形式文件很常见；library("LDheatmap")#读入数据SNP ..... 阅 读 全 部 >
OS论坛专栏叮咚。“OS论坛专栏”上线了，我们将定期挑选OS论坛（网址：www.omicshare.com/forum）的优质内容分享给大家，如代码贴、实用工具分享、软件教程、文献解读等等，给论坛优质内容更多曝光机会，欢迎大家前往OS论坛投稿~，今天推荐论坛入驻网友“生信补给站”的一篇帖子（原帖链接：https://www.omicshare.com/forum/thread-6269-1-1.h... 阅 读 全 部 >