今天推荐论坛入驻网友“bioinfomics”的一篇帖子（原帖链接：https://www.omicshare.com/forum/thread-5539-3-1.html），跟大家分享如何绘制基因表达聚类趋势图。# 清除当前环境中的变量rm(list=ls())# 设置工作路径setwd("C:/Users/Dell/Desktop/")# 加载所需的R包library(ggplot2 )l..... 阅 读 全 部 >
表达谱分析中，经常会使用到相关性分析，探索一组基因间的共表达特征。例如，这些基因间的表达是否存在较强的协同性，一个基因表达值的改变是否与另一个基因表达值改变显著相关，它们之间是共激活还是抑制关系等。对于相关性分析结果的可视化，通常有多种方法，例如相关性散点图、弦图、共表达网络图。本篇教程则主要带大家了解如何基于基因表达值的相关性，绘制弦图。如下弦图来自文献“CUL4B pro...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
要说ggplot2中那些使用不多但是却功能强大的图层函数，我首先想到的就是geom_rect、geom_linerange、geom_segment、geom_ploygon。这四个函数分别定义了ggplot2中的矩形图、垂直线图（线范围图）、线段图、几何多边形图。这四种图表类型独立使用的机会很少，一般都是作为图表的辅助信息，但是如果能恰到好处的使用，你会挖掘出很多新意。geom_rectgeom... 阅 读 全 部 >
作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/R语言学习笔记之聚类分析Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了，ggpl...阅读... 阅 读 全 部 >
如果一篇科研论文没有 bar图，那它可能就不是一篇合格的科研论文。很多同学也许会问，bar图有什么难的，我科研论文做第一张图就是bar图，so~so~easy。其实bar图也有很多种的，最大的差别，就是我们家的 bar图和别人家的bar图。为什么别人家的 bar图可以上CNS，我们家的bar图match却只能在一两分的角落里画圈圈呢。当然实验设计和内容绝对占99...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
火山今始见,突兀蒲昌东。——岑参《经火山》 大家好，我是阿琛。当我们通过分析得到基因在不同分组中的表达情况，以及显著上调或下调的差异基因时，如何将该结果进行可视化展示随之出现。在生信分析中，火山图和热图是两种最为常见的展示方法。火山图，Volcano Plot，因其形状类似喷发的火山而得名。1.R包得安装与读取首先，自然是R包的选择与安装。经过多期内容的讲解，相信大家对于R语言绘图也基本有了一个基... 阅 读 全 部 >
关于柱形图的实用性和重要性这里就不再过多赘述，通过Excel、Origin、GraphPad Prism等常见科研绘图软件都能够比较轻松获得所需样式的柱形图。但是，在当下内卷的科研环境中，普通的柱形图和条形图显然不够看，那么如何让自己的柱形图更加出彩呢？之前为大家分享过当前一些高分期刊中常用到的变种柱形图表的绘制方法，详细可见推文：《给你的柱形图“烫个头”，跟上科研大佬们的时尚步伐！》...阅读全... 阅 读 全 部 >
导语GUIDE ╲我们平时说的小提琴图其实是箱式图与核密度图的结合，箱式图展示了分位数的位置，小提琴图则展示了任意位置的密度，小提琴图可以展示密度较高 的位置。下面我们一起来看看几种绘图R包。 小提琴图是通过使用密度曲线描述一组或多组的数值数据分布。每条曲线的宽度对应于各区域数据点的近似频率。通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分... 阅 读 全 部 >
作者：Bruno Rodrigues原文链接：https://www.brodrigues.co/blog/2018-10-05-ggplot2_purrr_officer/来源：R语言最近我面临以下的问题：创建数以百计的图片以便我们的客户仍旧可以编辑。这意味着我需要把图表导出到Excel、PPT或者其它客户熟悉的工具，而不是像往常那样把图片直接以pdf或者png形式导出。尽管我还是希望使用R解决... 阅 读 全 部 >
本文首发于微信公众号 *“ 生信补给站 ” ，期待您的关注！！！*"一张统计图形就是从数据到几何对象(geometric object, 缩写为geom, 包括点、线、条形等)的图形属性(aesthetic attributes, 缩写为aes, 包括颜色、形状、大小等)的一个映射。此外, 图形中还可能包含数据的统计变换(statistical transformatio...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >