2024 11-17 ESPript:轻松绘制多序列比对结果,打造出版级Figure! 在上一期文章中,我们介绍了如何在线高效完成蛋白序列比对,并获得了 .fasta 或 .fa 格式的比对结果文件。本期,我们将通过 ESPript 工具,将这些比对结果转换成清晰、美观的图,让研究成果轻松达到出版级别。什么是ESPript? ESPript (Easy Sequencing in PostScript) 是一个专为学术研究者设计的在线工具,可以将序列比对结果可视化,并结合二级...阅... 阅 读 全 部 >
2023 08-18 离谱!常规分析能发上12+SCI?每个生信人都值得学习!(附代码) 跟着Nature Communication学绘图之Figure 1的绘制大家好,我是阿琛。在前面讲解的内容中,我们学习了数据的预处理,构建Seurat对象,以及后续的降维分析处理及其可视化过程。接下来,我们来看下如何对PCA分析得到的结果进行可视化展示,以及GSEA分析。可以看到,在图中,图c为PCA分析得到的cPC 特征值按等级排序,包括19,188 个特征值。图d为肿瘤样本在 cPC2 上的... 阅 读 全 部 >
2023 06-16 文献中这些奇奇怪怪的图看不懂啊 生信分析类研究,可以说是近两年火热的科研话题了。随着大数据时代的来临,「拍脑门」想选题的时代已一去不复返,从「别人的数据中」挖掘出自己所需的研究核心已经是大势所趋。更何况,据传说——做生信分析的人可以「不做实验」、「无需编程」、「坐在电脑前」、「轻松发文章」。哇!想想都能笑出声来……忍不住暗搓搓的摩拳擦掌一番,打开一篇生信文章,一窥其真容,看看能不能从...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 04-29 绘制高质量的曼哈顿图,就用CMplot包啦! 在Genome-wide association study(GWAS,全基因组关联研究)关联分析的时候,我们经常会看到一些非常漂亮的曼哈顿图,能对候选位点的分布和数值一目了然。请输入就用R语言中CMplot包,帮你绘制高质量的曼哈顿图。请输入1. 安装CMplot包> install.packages("CMplot")> ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 04-17 一文读懂进化树 声明:本文转载自“微生物生态”公众号,一个有干货的公众号系统发育树系统发育树(Phylogenetic tree)又称为系统进化树,是用一种类似树状分支的图形来概括各物种之间的亲缘关系,可用来描述物种之间的进化关系。1.系统发育树构建步骤2.多序列比对 系统发育树构建的第一步是进行多序列比对,常用的软件包括MEGA, cluster X,Muscle,phylip等。(都很常用,就看哪个...阅读... 阅 读 全 部 >
2023 03-03 如何轻松绘制基因表达聚类趋势图 今天推荐论坛入驻网友“bioinfomics”的一篇帖子(原帖链接:https://www.omicshare.com/forum/thread-5539-3-1.html),跟大家分享如何绘制基因表达聚类趋势图。# 清除当前环境中的变量rm(list=ls())# 设置工作路径setwd("C:/Users/Dell/Desktop/")# 加载所需的R包library(ggplot2 )l..... 阅 读 全 部 >
2023 03-01 基因表达相关性可视化—弦图(R语言) 表达谱分析中,经常会使用到相关性分析,探索一组基因间的共表达特征。例如,这些基因间的表达是否存在较强的协同性,一个基因表达值的改变是否与另一个基因表达值改变显著相关,它们之间是共激活还是抑制关系等。对于相关性分析结果的可视化,通常有多种方法,例如相关性散点图、弦图、共表达网络图。本篇教程则主要带大家了解如何基于基因表达值的相关性,绘制弦图。如下弦图来自文献“CUL4B pro...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022 12-29 ggplot2都有哪些使用不多但是却异常强大的图层函数 要说ggplot2中那些使用不多但是却功能强大的图层函数,我首先想到的就是geom_rect、geom_linerange、geom_segment、geom_ploygon。这四个函数分别定义了ggplot2中的矩形图、垂直线图(线范围图)、线段图、几何多边形图。这四种图表类型独立使用的机会很少,一般都是作为图表的辅助信息,但是如果能恰到好处的使用,你会挖掘出很多新意。geom_rectgeom... 阅 读 全 部 >
2022 12-02 R语言可视化学习笔记之ggpubr包 作者简介Introductiontaoyan:伪码农,R语言爱好者,爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/R语言学习笔记之聚类分析Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化,但是如果要通过ggplot2定制一套图形,尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形,对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了,ggpl...阅读... 阅 读 全 部 >
2022 11-29 bar(霸)图绘制之霸气满屏 如果一篇科研论文没有 bar图,那它可能就不是一篇合格的科研论文。很多同学也许会问,bar图有什么难的,我科研论文做第一张图就是bar图,so~so~easy。其实bar图也有很多种的,最大的差别,就是我们家的 bar图和别人家的bar图。为什么别人家的 bar图可以上CNS,我们家的bar图match却只能在一两分的角落里画圈圈呢。当然实验设计和内容绝对占99...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >