转自：EasyCharts今天这篇主要讲解R语言颜色综合运用，主要跟大家介绍如何提取那些专业色彩包中的颜色搭配用于在基础绘图系统和高级绘图系统中共享。其实无论是R语言的预设配色系统、自定义颜色表还是哪些专属配色包，我们所使用（或者R语言识别的）的仅仅就是一组字符向量所代表的色值而已，并不神秘。通过scales中的色彩获取函数，我们可以将专属配色主题（RColorBrewer、ggthemes）中的... 阅 读 全 部 >
在文献中，我们经常能够看到这样的散点图。例如，通过RNA-seq或qPCR比较特定基因在不同分组样本中的整体表达水平。文献中的蜂群图与其称它们为散点图，其实它们是有独自名字的—蜂群图。当然原则上它们仍属于散点图的范畴，因为它仍将单个样本直接显示为点。但其特别之处在于，蜂群图采用了一种逻辑，以确保所绘制的点彼此靠近且不会重叠，并能有效呈现出点分布的局部密度信息，直观而不失优雅。...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
Python作为胶水语言的强大之处已经不需要我过多描述了，它在机器学习领域、大型网站搭建框架等都有非常广泛的应用，比如TensorFlow的python接口，基于Python的Tornado和Django框架，国内的知乎和豆瓣、以及Youtube大部分是基于这些python的框架。当然最为重要的是它在生物信息领域的应用也较为广泛，比如基于扩增子的测序，还有一些全基因组测序等后期分析的软件很多都是基... 阅 读 全 部 >
笔者前一段时间忙于为新文章制作配图，多处搜集配图优雅美观的优质论文。最后终于找到一篇发表在 Science Advances 的文章——通过高通量测序分析揭示了小 RNA 在小鼠卵母细胞和早期胚胎中的调控作用。文章中除了复杂的 RNA Seq、Chip Seq 分析，图表的搭配十分美观。虽说我们是崇高的科（ke）学 (yan) 家 (gou)，但关乎我们毕业大计的 SCI 也得要「高颜值」。以常见... 阅 读 全 部 >
OS论坛专栏叮咚。“OS论坛专栏”上线了，我们将定期挑选OS论坛（网址：www.omicshare.com/forum）的优质内容分享给大家，如代码贴、实用工具分享、软件教程、文献解读等等，给论坛优质内容更多曝光机会，欢迎大家前往OS论坛投稿~，今天推荐论坛入驻网友“生信补给站”的一篇帖子（原帖链接：https://www.omicshare.com/forum/thread-6269-1-1.h... 阅 读 全 部 >
相信各位在肝图表写论文时，一定都会思考：这张图表用啥颜色？论文整体配色搭配怎么把控才好看？毕竟高分期刊大牛文章的共通点，除了论文精彩，整体配色也十分具有吸引力。许多在线配色/提取颜色的工具效果不错，通过下载大牛文章使用PS、AI等直接“偷色”也不是难事。如今即便自己缺少美学灵感，但仍可以做到轻松获取出彩的配色方案。有兴趣可参考往期推文： 《作图颜色调得好，高分文章跑不了！》 、 《如何“偷走”..... 阅 读 全 部 >
说到相关分析，我们都知道是用来观察变量之间相关性的一种分析方法，而得出的结果很难用表格形象展示，这个时候我们的相关性图形就派上了用场，那么接下来为大家介绍R语言情景下用mtcars数据集和corrplot包绘制相关性图形的方法：mtcars数据展示mtcars数据说明：数据的第一列为各种汽车型号，后续数据为汽车的多个性能参数。在相关性计算函数cor()中有三种算法来计算相...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
作者:杜雨，EasyCharts团队成员，R语言中文社区专栏作者，兴趣方向为：Excel商务图表，R语言数据可视化，地理信息数据可视化。个人公众号：数据小魔方（微信ID：datamofang） ，“数据小魔方”创始人。关于配色的话题，已经聊过很多次了，但是就像是之前说过的，对于图形可视化而言，配色决定着作品的“颜值”,谈再多次都不嫌多。今天是R语言配色系统综合篇的上篇（当然是有下篇啦，下...阅读... 阅 读 全 部 >
最初小编是在“A genome-based model for adjusting radiotherapy dose (GARD): a retrospective, cohort-based study”这篇文章中看到的一个图。它形似一张提琴图，展示了来自不同类型疾病患者个体的GARD得分的分布，图中红色点代表了中位数。但与常规提琴图不同的地方在于，提琴图中还添加了密度信息，即...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
R语言中可视化包ggplot2可以绘制出优美的可视化图片，但如果要通过ggplot2个性化的绘制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的科研人员来说就有点困难了,基于ggplot2创建的可视化包ggpubr，用于绘制符合出版物要求的图形。作图方便简单，成图导出就可以用到文章中。01安装扩展包方法一、install.packages("...阅读全文>... 阅 读 全 部 >