如果一篇科研论文没有 bar图，那它可能就不是一篇合格的科研论文。
很多同学也许会问，bar图有什么难的，我科研论文做第一张图就是bar图，so~so~easy。
其实bar图也有很多种的，最大的差别，就是我们家的 bar图和别人家的bar图。为什么别人家的 bar图可以上CNS，我们家的bar图match却只能在一两分的角落里画圈圈呢。
当然实验设计和内容绝对占99.99%因素，可是纵览所有高分论文，可以有灌水的文章，却没有不好看的图。很多同学可能遇到这种情况，论文投稿后，reviewer的意见就有：亲，图能否做得更规范（更好看，更美观）些？
在我们阅读过的科研论文中，几乎所有的文章都包含bar图，因此bar图可谓是霸气满屏，科研一姐。那么如何绘制一张美丽的bar图呢，就让飞飞老师带领大家一起学习一下吧~
好了，老规矩，我们先讲解一下什么是bar图。今天给大家演示的Bar图很简单，只有两列，一列是坐标轴内容，一列是数值，非常容易理解。
首先我们先看一下输入的数据格式，作为示例，我们选取了功能富集分析的结果作为实例练习（联系文末胖雨小姐姐，获取测试数据）。
输入文件只有三列，第一列是通路的名字，第二列是通路的类型，第三列是富集信息。在实验中我们将差异基因进行富集，用来表示差异基因主要集中于哪些通路中，值越高，说明该通路的富集越显著。
而我们要展示的，就是如何用这样三列简单信息，画一张不简单的bar图。
首先安装R包，在这里我们要用到绘图神器 ggpubr 这个包，教程见http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/。另外由于我们的输入数据是 excel 格式的，所以需要用 openxlsx 这个工具读取excel 里面的信息。
包安装并加载完成后，我们就开始画图啦。第一步读取excel里面的通路富集信息。并查看文件前6行。
从R里面可以看到，我们文件分为三列，第一列是通路的名字，第二列是通路的类型，类型有三种，分别是 Signaling，Metabolism，Other，第三列是富集的分值，分值越高，说明这个通路越显著。
然后，就可以开始画图啦。X轴为Name，Y轴为Score。
何止是有点丑，简直不忍直视！
所以，我们需要对这张图进行美化，做成论文发表的格式，不要给reviewer拒我们的理由。
整容第一步：为各通路着色
这样看，效果确实好多了。当然，我们通路分为三种类型，而这张图的通路类型是混合在一起的，所以我们需要对通路的顺序进行调整，让图看上去更整洁明了。
整容第二步：调整通路顺序
这样看上去就好很多了。事实上，许多文章的图到这一步就结束了，而这样的图，刚好也在reviewer接受的范围内。
但是，这充其量也只是个淡妆，怎么能让 reviewer 眼前一亮呢？我们还需要对图的颜色和布局进行改进。
整容第三步：调整颜色和布局
在通路中，我们想最先展示 Signaling，然后展示 Metabolism，最后展示不是那么重要的 Others。所以我们要将 Pathway 这一列改成因子型。同时更改 bar的颜色，让整体颜色更加协调美观。
下面是见证奇迹的时刻！
这个颜色是不是看上去十分高大上~
要知道，这可是The New England Journal of Medicine钟爱的色彩搭配、时尚穿搭！
当然，整体来看，这张图还有很多细节不够（这可能是一个强迫症晚期作图爱好者的 solo），所以我们修改了坐标轴范围和边框，让bar图直接呈现出可供NEJM 发表的效果。
恩，让我们继续见证奇迹的诞生(*^▽^*)
这样的一张 bar 图，比例合理，表述内容明确，颜色协调，而且风格和 NEJM杂志很搭哦~ 所以，同学们赶紧来试一试吧，实现顶刊的梦想，从第一张完美bar图开始！
今天，飞飞老师就跟大家讲到这里，下次我们再讲更多漂亮的绘图。
转自:科研猫- 本文固定链接: https://maimengkong.com/image/1299.html
- 转载请注明: : 萌小白 2022年11月29日 于 卖萌控的博客 发表
- 百度已收录
