刚开始做 Western blot 的同学们想必都大多都是研究生，虽然科研经历还不是特别丰富，但情感经历一定都比较丰富吧。同学们想想自己刚谈恋爱的时候，你刚喜欢一个人却还没表白之前，是不是每天都要想尽一切办法了解他/她的爱好，他/她的习惯，他/她每天的路线等等，等你心里有数之后再开始考虑如何表白？做实验也一样，在开始 Western 之前，尽可能多的了解你的目的蛋白，这和谈...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
蛋白质互作网络是由不同蛋白通过彼此之间的相互作用构成，参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。在进行基因机制研究中，寻找互作蛋白是一个深入探究基因功能的过程，寻找未知蛋白充满艰辛，而通过数据库预测互作蛋白能够为我们的研究拓展思路，提供方向，让我们在科研道路上更加轻松。下面就为大家推荐四个可以用来预测相互作用蛋白的网站！一：STRING网站1.STRI...... 阅 读 全 部 >
染色质环（或染色质相互作用）是染色质结构的重要组成元素（图1）。染色质环的破坏与癌症、多指畸形等多种疾病有关。目前，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq等技术可用于检测特异性蛋白质介导的高分辨率染色质环。近年随着3D基因组研究的快速进展，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq的数据集不断积累，亟需对这些数据集进行有效的收集和处理。图1. 染色质环（Chromatin loop... 阅 读 全 部 >
一：GETPrime数据库我们经常为寻找基因和特定转录本的qPCR引物所犯难，不用怕，在GETPrimer你可以得到所有基因的引物，并且考虑了SNP等情况。直接可视化设计出来基因的位置。二 InterPro分析蛋白的相关结构域信息三 ReFOLD蛋白质3D模型的细化可以被认为是蛋白质结构预测的“终末游戏”。通常需要对预测模型进行微妙的改进，将它们移动到“最后一公...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
一、分析背景蛋白一般由一个或多个功能域所组成，在不同蛋白质组合中出现的不同结构域导致了自然界中蛋白质复杂的多样性。鉴定一个蛋白中的结构域有助于更深入地理解蛋白功能。Pfam是一个大型蛋白结构域家族的数据库，每个蛋白家族都由多个序列比对和HMMs（hidden Markovmodels，隐马尔可夫模型）所体现。最新版本为27.0（2013年3月，包含14831个蛋白家族）Pfam包括两个质量级别的家... 阅 读 全 部 >
蛋白质是调控生命功能的基本层次，在生命科学研究上具有重要意义，因此受到科研工作重点关注！也是很多小伙伴发文的热点方向！但由于执行复杂生命功能的蛋白质的结构和功能等的多样性都很高，收录蛋白质信息的数据库往往各有所侧重。 面对网上一搜，名目繁多的蛋白质数据库，不少小伙伴会无所适从。那么，我们平时使用的那些常用蛋白数据库，都适合来找一些什么数据呢？以下，小编选了一些平时常用的蛋白质数据库，整理给大家。0... 阅 读 全 部 >
在转录调控相关的文献中，我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络（protein protein interaction network，PPI network）。具体而言，这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等，找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后，通过STRING数据库（https://string-db.org/）检索了编码蛋白间...阅读全文... 阅 读 全 部 >
一、研究背景lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而，有文献研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程。lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。西班牙IMIM(Hospital del Mar Medical Research Institute)和加泰... 阅 读 全 部 >
国际顶级期刊经过四个多月的评选，《Cell》“Best of 2017”特刊中刊登其评选结果，包括“2017年度十大最佳论文”以及“2017年度四大最佳综述”。不出意料的是这些文章涵盖癌症、免疫学、干细胞、神经科学等热门研究领域，以及很火的AI技术在生物医学领域的研究进展。但是有一篇综述的入选确实有点出乎意外，就是这篇题为“Putting p53 in Context”的文章。为什么仅...阅读全... 阅 读 全 部 >
Pfam: the protein families database11.501Nucleic Acids Res . 2014 Jan;42(Database issue):D222-30. doi: 10.1093/nar/gkt1223. Epub 2013 Nov 27.Abstract Pfam, available via servers in the UK (http:/... 阅... 阅 读 全 部 >