蛋白组学搜库分析软件 MaxQuant使用教程

MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据。拥有自己的肽段搜索引擎- Andromeda。对于碰撞诱导离解(CID)、高能碰撞离解(HCD)和电子转移离解(ETD)所产生的串联光谱可以很容易地用MaxQuant进行分析。针对每种方法，采用自定义的多级评分方案，对每种特定的碎片化技术的多肽鉴定进行优化。MaxQuant使用target-decoy搜索策略以估计和控制假阳性。

一.下载安装

官网：https://maxquant.net/

软件的下载需要用邮箱注册，并填写注册码。

依赖.NET Framework（基于.net框架编写，有些没安装的电脑需要安装）和MSFileReader（识别质谱raw文件）。

解压后无需安装，点击MaxQuant.exe即可使用。

双击“MaxQuant.exe”打开MaxQuant应用程序

初始界面如图所示

二.软件使用(示例软件版本：MaxQuant_1.6.17.0）

1、在“原始数据”界面单击“Load”选择待分析的原始数据

原始数据load完后界面如下图所示：

2、设置原始数据分组信息

对于label free相对定量实验，要单击“set experiment”对每个文件进行设置，使软件能够正确分辨不同实验组和组内技术重复。如下图所示，为2组样品，其中A组、B组各有3个技术重复。最后搜索结果只会得到的信息为A组、B组技术重复合并后的结果。即，只有A、B两组的峰面积。

如果没有做技术重复，也没有做分组分（Fraction),可以按下图设置。把每个样品都是单独搜索，最终每个样品都能导出对应的峰面积用于下一步的统计分析。如下图所示，直接点击“No Fraction"，软件会自动根据样品名称设置对应的分组。

如果是做ITRAQ或者TMT检测分析，把标记后的样品混合后，做了分组分处理，可以在“Fraction”设置，告诉软件。如下图：

3、组特定参数设置

3.1 "Type"设置

这一点设置实验检测的类型，常常做的label free检测为一级母离子离定量，可以按下图设置即可。

如果是二级谱图定量的，如ITRAQ、TMT等，可以按下图设置。软件本身有把各家常规的试剂规格配置好，直接选择使用即可。另外也要根据实验的实际情况，对搜索参数进行修改。比如，ITRAQ 8标试剂盒，实验的时候只用了7标，那就要在这页面下，把没有用的进行编辑处理。

3.2 "Modifications"设置

此页面设计固定修饰及可变修饰。一般酶切用了还原烷基化试剂，要把对应的基团设置为固定修饰（Fixed modifications)，若有关注的多肽修饰像磷酸化、泛素化之类的，可在可变修饰中添加（Variable modifications)。下图设置为常规设置，把蛋白天然存在的添加在可变修饰。

3.3 "Instrument"设置

此处的“Main search peptide tolerance”指搜库时一级的质量精度，通常设为10-15ppm，本页面其他参数保持默认即可

3.4 "Digestion"设置

在此页面下，根据实验具体情况设置酶切所用的酶。注意查看实验所用到的酶的具体情况进行选择。如果不确定软件上的酶是否是自己实验所用到的或者自己用的酶没有在软件里面，可在下图查看酶切位点及添加。

在设置酶切页面可按下图设置。在设置所用到的酶的情况下，还需要设置最大漏切位点数量（Max.missed)，一般做溶液酶切的情况下，可设置为2~3，如果是做切胶质谱，可适当设置大一些4~5左右。

3.5 "label-free uantification "设置

如果是做label free实验，需要对这一步参数进行设置。LFQ为Label free quantification的缩写。Fast LFQ ,当原始数据多于10个的情况下，可选择“Fast LFQ”加快定量速度，但非必须的。具体设置参考下图。

4、全局参数设置

4.1 "Sequences "设置

在此页面下设置蛋白搜索数据库。数据库根据实验样品物种类型，先在蛋白数据库UNIPROT(https://www.uniprot.org/)上提前下载好对应的fasta文件。按下图方式添加进去。其中标记3显示的Include contaminants,默认为勾选。此为污染物质数据库，比如一些角蛋白、牛血清蛋白、胰酶之类的放到软件一起搜索。后期搜索完成后，需要在鉴定蛋白列表中把这些蛋白去掉再进行分析。