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2022
08-15

LncRNA综述

一、研究背景lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而，有文献研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程。lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。西班牙IMIM(Hospital del Mar Medical Research Institute)和加泰... 阅 读 全 部 >
2022
08-03

抗癌蛋白p53发现至今40周年 | 关于他的过去，现在及未来

国际顶级期刊经过四个多月的评选，《Cell》“Best of 2017”特刊中刊登其评选结果，包括“2017年度十大最佳论文”以及“2017年度四大最佳综述”。不出意料的是这些文章涵盖癌症、免疫学、干细胞、神经科学等热门研究领域，以及很火的AI技术在生物医学领域的研究进展。但是有一篇综述的入选确实有点出乎意外，就是这篇题为“Putting p53 in Context”的文章。为什么仅...阅读全... 阅 读 全 部 >
2022
06-28

STRING：蛋白相互作用数据库的使用

昨天我们介绍了一些网络分析当中用到的一些基础的知识（相互作用网络分析基础 ）。对于基因组数据分析而言的话，我们能用到网络分析的就是蛋白相互作用分析(protein-protein ineraction, PPI)分析了。蛋白相互作用分析的数据库有很多，至于为什么选择STRING，还是在于其强大的可视化，以及自定义功能。这样我们可以得到数据结果的同时，还可以得到相对好看的图。下面我们就来介绍一下ST... 阅 读 全 部 >
2022
05-12

数据库|eggNOG在线注释以及本地化全攻略

COG是Clusters of Orthologous Groups of proteins的缩写(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/)。COG是在对已完成基因组测序的物种的蛋白质序列进行相互比较的基础上构建的，COG数据库选取的物种包括各个主要的系统进化谱系。每个COG家族至少由来自3个系统进化谱系的物种的蛋白所组成，所以一个COG对应于一个古老的保守结构域。构成每... 阅 读 全 部 >
2022
02-28

安利两款分子生物常用网站，轻松处理基因序列

一、序列处理在线工具包（The Sequence Manipulation Suite）序列处理在线工具包是DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具的集合，是一款非常实用的序列比对分析网站。网站常用的功能包括：DNA/蛋白质序列过滤器，反序与补序工具，DNA/蛋白质序列分组工具，翻译和蛋白分子量等。 下面简单介绍一下常用功能：1DNA/蛋白质序列过滤器DNA/蛋白质序列过滤器用来从文本中移去非DNA字... 阅 读 全 部 >
2021
11-14

蛋白功能损伤预测Mutation Taster

蛋白质是生命活动的基本单位，我们在进行遗传病基因突变为致病性研究时，很重要的一点就是分析该变异是否会影响蛋白质的结构与功能。熟悉我们检测报告的老师都知道，康旭的蛋白损伤预测采用的是Mutation Taster、SIFT、PolyPhen。之前我们介绍了PolyPhen-2以及SIFT软件，今天小编带大家了解另一款软件Mutation Taster。Mutation Taste... 阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
2021
08-25

【技术分享】 UniProt 数据库使用指南

在这个信息大爆炸的年代，浩瀚的信息流如同汪洋大海一般，将每个人都紧紧环绕。如何利用已有的工具从中筛选有用信息，对我们每个人，尤其是科研人而言，尤为重要。在免疫学，医学，药学科研和工作中，我们常常会用到蛋白数据库，关于蛋白质的结构，蛋白质质谱等数据库均较多，今天给大家分享讲讲使用频率最高且冗余度最低的uniprot数据库。希望能对你们有所帮助~下面，菲小恩以研究得比较多的 IL-6为...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021
08-25

整合uniprot等多个数据库，这个蛋白质数据库堪称巨无霸

对于本来就没有多少时间做科研的医学生来说，拿到导师布置的课题时总是如履薄冰，因为导师总是一字千金，就简简单单说一句你去研究什么什么蛋白的功能，而后所有的背景知识都需要自己去查，如何才能快速的掌握自己需要研究蛋白的全部知识呢？今天笔者拿出多年的珍藏，给大家分享一个超好用的数据库SMART。进入SMART数据库，网址为http://smart.embl-heidelberg.de/.进入网站首页，可以... 阅 读 全 部 >
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