在分子机制的研究中，寻找基因间互作网络是非常重要的。基因间的关系，又可分为蛋白与蛋白之间，蛋白与 DNA之间的相互作用、通路、生理生化反应、共表达、共定位等等。下面介绍一下GENEMANIA数据库，你想知道的数据全都有，网址 http://genemania.org/1打开网址页面如下，首先在网站左上角，有一个搜索栏2输入你想查询的基因名称，点击前面的图标可以选择物种3点击搜索后，可以看到如下界面... 阅 读 全 部 >
对于生物学领域的研究生来说，很多时候我们研究一个通路，或者想要知道两个基因或者多基因间的相互作用以及蛋白质之间的相互作用，该从哪下手呢？下面我想详细的介绍一个基因间相互作用的预测网站—GeneMANIA，网址： http://genemania.org。首先看 Help 里对 GeneMANIA 的简介：GeneMANIA searches many large, public...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
简洁、明了、好用之前我们介绍了快速寻找RNA与RNA、蛋白质、DNA和化合物相互作用的好用网站，今天我们一起来看一下另外一个好用的数据库。该数据库用于生成有关基因功能的假设、分析基因列表和为功能分析确定基因的优先级。给定一个查询基因列表，GeneMANIA使用大量的基因组学和蛋白质组学数据发现功能相似的基因。在这种模式下，它根据查询的预测值对每个功能基因组数据集进行加权。GeneMANIA的另一个... 阅 读 全 部 >
前言多细胞生物是由不同类型的细胞组成开放社会，这个社会中的单个细胞间必须协调它们的行为，为此，细胞建立通讯联络是必需的。细胞通讯是指一个细胞发出的信息通过介质传递到另一个细胞产生相应的反应，通过化学信号分子进行细胞间通讯是动物和植物最普遍采用的通讯方式。配体-受体复合物介导的细胞-细胞通讯对协调发育、分化和炎症等多种生物学过程具有至关重要的作用。复杂的细胞外反应始于配体与其同源受体...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
Linux环境变量配置在自定义安装软件的时候，经常需要配置环境变量，下面列举出各种对环境变量的配置方法。下面所有例子的环境说明如下：系统：Ubuntu 14.0用户名：uusama需要配置MySQL环境变量路径：/home/uusama/mysql/binLinux读取环境变量读取环境变量的方法：export命令显示当...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
在转录调控相关的文献中，我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络（protein protein interaction network，PPI network）。具体而言，这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等，找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后，通过STRING数据库（https://string-db.org/）检索了编码蛋白间...阅读全文... 阅 读 全 部 >
已经陆续为大家介绍了ceRNA研究的建库方法（文章：），还有ceRNA之间的调控关系（文章：），这篇就来总结一下miRNA、 lncRNA、circRNA鉴定及靶向关系预测常用的分析工具。 miRNA鉴定去除低质量的数据，得到clean data后，还需要和Genebank、Rfam等数据库比对去除rRNA，scRNA，snoRNA，snRNA，tRNA等其它小RNA的tags，最后再进行mi..... 阅 读 全 部 >
前言现在生物学研究中对RNA的研究与日俱增，siRNA，piRNA，miRNA, LncRNA一个个明星分子层出不穷。更有一些新的名词不断产生，如ceRNA。其实ceRNA的提出也有一段时间了，而且它并不是一种新的RNA分子，而是一种调控机制。在最近的研究中表明基因在转录调控中存在多种模式作用，microRNA作为其中一种重要的调控因子，是长短约22nt的短链RNA，能够通过抑制目...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
纵观近十年发表的转录组学文章，转录组应用的研究领域越来越广泛，数据的挖掘要求越来越高，实验设计方案涉及的样本数目日趋增多，这就对转录组数据的生物信息分析方法有更多更高的需求。今天跟大家分享的WGCNA（Weighted Gene Co-Expression Network Analysis），就是适合进行复杂转录组数据分析的工具。首先，我们了解一下WGCNA的概念WGCNA其译...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
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