在分子机制的研究中,寻找基因间互作网络是非常重要的。基因间的关系,又可分为蛋白与蛋白之间,蛋白与 DNA之间的相互作用、通路、生理生化反应、共表达、共定位等等。下面介绍一下GENEMANIA数据库,你想知道的数据全都有,网址 http://genemania.org/
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打开网址页面如下,首先在网站左上角,有一个搜索栏
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输入你想查询的基因名称,点击前面的图标可以选择物种
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点击搜索后,可以看到如下界面。不同的圆圈表示基因,鼠标放在上面就会出现基因的简介。而圆圈间的线条表示他们之间可能的相互作用点
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在搜索栏的下方,可以选择结不同展示结果的形式。比如。你可以点击圆圈,使你查询的目的基因位于网络图的中央……
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或者,点击箭头,使查询结果以相关性大小排列。如下图,排在第一个的最大的圆圈提示相关性可能最大
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点击任意一条直线,可以显示基因间可能作用机制。线条的不同颜色代表不同的可能机制
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在网页的右侧,你也可以通过选择查看不同的信息,比如共表达、共定位、还是…….一切由你说了算。比如点击前面的对号选中Physical interactions,可以只看基因间物理相互作用。去掉其它选项会发现相应连线消失,这样结果展示既特异又直观
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点击下拉菜单,会发现下面有基因的相关文献,即基因间相互作用的证明资料。可以查阅文献去深入了解基因之间的关系
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最后,如果你不满足于一个基因的预测,可以将多个基因全部输入进行查询,寻找他们之间的可能互作关系
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对于基因间互作网络图,点左侧最下方的保存按钮,可以保存为图片格式、PDF 格式等
转自:医学方
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- 转载请注明: : 萌小白 2023年5月14日 于 卖萌控的博客 发表
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