4+无代码纯生信：基因家族套路解析

2021年新的开始，现在还能靠纯网页分析发高分生信吗？答案是：YES！今天给大家介绍的是去年9月份发表在 frontiers in Oncology (IF=4.848)的一篇文章，主要内容是基因家族chromobox在结直肠癌中的预后价值及免疫浸润的综合分析。

这篇文章里运用到网页工具如下：Oncomine、Gene Expression Profiling Interactive

Analysis (GEPIA)、Kaplan-Meier Plotter、cBioPortal、GeneMANIA、String、Timer。了解了文献分析的套路，换一个基因家族和癌症，又是妥妥一篇文，一起学起来！

首先简要介绍一下背景知识，真核细胞中，许多相关的基因常按功能成套组合，被称为基因家族。Chromobox(CBX)家族蛋白是多梳组(PcG)复合物的典型组分，通过修饰染色质转录抑制靶基因。这些CBX蛋白参与了多种生物学过程，如维持胚胎干细胞的多能性和自我更新、细胞命运决定和发育程序控制。目前已经鉴定了CBX蛋白家族的8个成员，每个成员都有一个保守的结构：单个N端染色体结构域。根据它们的分子结构可分为两个亚组：HP1组(包括CBX1、CBX3和CBX5)和Pc组(包括CBX2、CBX4、CBX6、CBX7和CBX8)。

文章思路大致如下:首先，分析CBXs家族基因在癌症组和正常组的表达差异；其次，分析CBXs家族基因的预后价值；随后分析了CBXs家族基因的突变情况，并且进行了蛋白互作分析；最后，进行了CBXs家族基因的免疫细胞浸润分析。

1、CBXs家族基因表达差异

作者首先利用Oncomine数据库中的信息，分析了CBXs家族基因在结直肠癌组织和正常组织中的表达差异。其中，CBX1、CBX2、CBX3、CBX4、CBX5和CBX8的表达在结直肠癌组织中显著升高，而CBX6和CBX7在结直肠癌组织中低表达。

随后，作者又利用GEPIA数据库再次验证CBXs家族基因的表达差异，结果大致与Oncomine数据库分析相同，CBX2、CBX3、CBX4和CBX8在结直肠癌组织中高表达，CBX6和CBX7在结直肠癌组织中低表达。

另外，作者也分析了CBXs家族基因的表达与结直肠癌病理分期的关系，其中CBX3的表达与癌症分期密切相关。

2、CBXs家族基因的预后分析

首先，作者还是利用GEPIA数据库分析了CBXs家族基因的表达高低与结直肠癌患者无进展生存期（DFS）和总生存期（OS）之间的关系。其中CBX3高表达预示着较短的无进展生存期。

随后，作者利用Kaplan-Meier plotter数据库进行了一个亚组分析，分析了CBXs家族基因在直肠癌患者中的预后价值。其中CBX5和CBX6的高表达与较短的总生存期相关。

3、CBXs家族基因的突变及互作分析

作者运用cBioPortal数据库分析了CBXs家族基因的突变情况，首先在不同病理类型的结直肠癌中都存在着两种及以上的基因突变。在共计1959个患者中检测到了114个样本中存在CBXs家族基因的突变。作者也分别展示了8个基因各自的突变的情况。

随后，文章进行了蛋白互作分析。首先利用STRING数据库，展示了CBXs家族8个基因与相关基因的互作关系。这些差异表达的CBXs与调节干细胞多能性的信号通路有关。其次， GeneMANIA数据库也用于分析CBXs家族基因的互作关系，结果表明，差异表达的CBXs及其相关分子(如CDY1B、CDY2B、CDY1、CDY2A、CDYL、MPHOSPH8、HUV39H1、CHD2和CHD1)的功能主要与组蛋白结合、核染色体、异染色质和PRC1复合物有关。

4、CBXs家族基因的免疫细胞浸润分析

最后，作者利用TIMER数据库进行了免疫细胞浸润分析。分为结肠癌和直肠癌两组，分析CBXs家族8个基因的表达与CD4+T细胞、中性粒细胞、B细胞、CD8T+细胞、巨噬细胞和树突状细胞的浸润是否有关。结果显示CBXs家族基因的表达与免疫细胞的浸润密切相关（图片仅展示三个基因为例）。

文章到这里就结束了，没有特别复杂的分析方法，但胜在分析步骤清楚，基本的分析方法如差异表达、预后分析、临床相关性分析、突变分析、蛋白互作分析都包含了，最后也涉及了比较火的免疫浸润分析。大多分析论证都运用两个数据库共同分析佐证，增加了可信度。

但结合之前相关的基因家族分析文章，还可以再多做一些分析来使文章数据更加丰满。例如这篇文章的临床相关性分析只是一笔带过，仅仅分析了CBXs家族基因与临床分期的关系，可以继续分析其他临床特征，进一步结合临床信息进行单因素和多因素分析，探讨目标基因是否可以作为独立预后因素。另外，在蛋白互作分析之后，可以进一步进行基因的功能和通路分析，GO、KEGG和GSEA都是很好的选择，可以更深一步挖掘数据。

小编说

大家有没有觉得这篇思路似曾相识， 19年初的时候医学方也同样推送过CBX家族的套路解析，详情请看你没学会算我输：零代码撰写5分SCI生信文章套路！ 18年11月发表在AGING(IF=5.1)的文章套路，2年之后重现江湖！CBX基因家族现在还能发近5分的文章！是不是感觉自己错失了一篇5分SCI？请把 错失了一篇5分SCI打在留言栏上。

转自：医学方