SLAM-seq测序 - 卖萌控的博客

SLAM-seq（thiol(SH)-linked Alkylation for the Metabolic sequencing of RNA）可以理解为“S4U烷基化RNA代谢测序技术”，通过核苷类似物(S4U) 标记和高通量测序方法，实现对新生RNA与原有RNA的定量和识别。SLAM-seq技术有助于检测RNA的半衰期与稳定性变化，鉴定RNA修饰所介导的靶基因变化，以及揭示mRNA稳定性的决定性因素。SLAM-seq是研究基因动态表达的首选，云序生物提供SLAM-seq测序服务，助力客户深入研究基于转录调控的相关机制。

SLAM-seq技术原理

SLAM-seq技术是在培养的细胞中加入4-thiouridine (S4U)核酸类似物，转录时S4U可以与DNA序列上的A碱基互补配对，从而进入新合成的RNA链中。抽提总RNA，加入碘乙酰胺（IAA）使其发生化学修饰。在逆转录过程中发生修饰的S4U与G碱基发生错配生成cDNA单链，导致最终检测结果里原本的T变成了C。通过分析检测 T→C 的转变比例，即可得到新生RNA的信息。

实验流程简述如下：

1）S4U标记：培养的细胞中加入S4U，得到带有S4U标记的新生RNA；

2）加化学修饰：抽提纯化RNA，并加入碘乙酰胺（IAA）诱导S4U发生化学修饰；

3）构建文库：逆转录时S4U与G发生错配，后续PCR中G又与C配对；

4）上机测序：最终测序结果中本来该为T的位点被识别为C；

5）生物信息学分析：检测 T→C 的转变比例，即可得到新生RNA。

SLAM-seq测序流程图

云序技术优势

优势1：操作简单

对于常规的新生RNA检测技术，一般需要复杂的标准化方案或者加入spike-in，而SLAM-seq无需繁琐且技术要求苛刻的免疫共沉淀或生物素分离等操作，操作简单。

优势2：RNA用量少

后续分析中只需要检测 T→C 转变比例，即可知道新合成的RNA情况，大大减少了RNA的用量。

优势3：灵敏度高

SLAM-seq可以通过区分已有的RNAs以及新合成的RNAs来扣除背景信号，对新合成的RNAs进行差异分析，提高基因差异表达检测的灵敏度。

优势4：应用方向广

SLAM-seq技术除了可对新合成的转录本进行定量，还有助于检测RNA的半衰期与稳定性变化，评估增强子的活性，鉴定RNA修饰所介导的靶基因变化，以及揭示mRNA稳定性的决定性因素等。

优势5：一站式服务

客户只需提供细胞，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析的整套服务流程。

优势6：专业的生物信息学分析

云序生物拥有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。

样本要求

1.样品类型：细胞

2.样品量：

细胞：2×106

3.样品处理：

在细胞培养时，将S4U（100μM）核酸类似物掺入培养基内，培养24 h（文献推荐，具体可调整），倒掉培养基。用PBS清洗2次后，加入TRIzol或RNA保护剂处理，转移至1.5ml离心管，封口膜封好，液氮冻存后-80℃保存（注意已保存的样品不要反复冻融）。

4.样品运输：

如需运输请使用干冰包裹。

案例解析

案例1：SLAm-seq可对转录本稳定性进行检测

题目：Thiol-linked alkylation of RNA to assess expression dynamics

期刊：Nature Methods

高通量测序的基因表达谱揭示了稳定状态下RNA种类的定性和定量变化，但模糊了RNA转录、加工和衰变的细胞内动力学。本研究中作者开发了用于RNA代谢测序的SLAM-seq，SLAM-seq能够快速获取总RNA背景下RNA聚合酶II依赖的基因表达动态。在小鼠胚胎干细胞中验证了该方法，为了直接测量mRNA转录的稳定性，将mESCs进行S4U代谢RNA标记24小时，并在各个时间点制备总RNA。然后对总RNA进行烷基化和定量测序。最终通过mRNA的半衰期测量结果显示，在mESCs中，mRNA的稳定性与mRNA的半衰期测量结果总体上具有良好的相关性。

图1：mESCs中多聚腺苷酸转录本的丰度水平