献给初学者：如何预测基因间的相互作用？

对于生物学领域的研究生来说，很多时候我们研究一个通路，或者想要知道两个基因或者多基因间的相互作用以及蛋白质之间的相互作用，该从哪下手呢？下面我想详细的介绍一个基因间相互作用的预测网站—GeneMANIA，网址： http://genemania.org。首先看 Help 里对 GeneMANIA 的简介：

GeneMANIA searches many large, publicly available biological datasets to find related genes. These include protein-protein,protein-DNA and genetic interactions, pathways, reactions,gene and protein expression data, protein domains and phenotypic screening profiles. Data is regularly updated.

可以用来发现相关基因，包括蛋白 - 蛋白，蛋白 - DNA 和遗传相互作用、通路、生理生化反应、基因和蛋白表达、蛋白结构域及表型筛选，而且数据是定期更新的。下面就来看看怎么使用 GeneMANIA。

第一步打开网址页面如下：新打开的时候是不会有下面的 history 的，我觉得这个的一个好处就是会记录你查询的历史。从最上面看，可以看到一个人，那里是填写你想要查询的基因名称，填写对的前面会有打勾。写好了就可以点击搜索。在 GeneMANIA 下面有 Cytoscape app，Help，Gontact，Cite 等，有兴趣可以打开看看。

然后进入正题，比如说我想知道 Hes-1，Arnt，Ahr 三个之间的关系，输入进去查询，界面如下：箭头代表在这个模式下展示的相互关系是如中间所示的。当然滚动鼠标也可以将界面放大缩小，拖动鼠标也可以移动界面，拖动某个基因的圆圈也可以移动基因，而且会只显示你鼠标所在的基因的单独相互作用，都可以试试。

点圆圈画面会如下：会将你想查询的三个基因放入中间。

点击双箭头可以看到如下界面，会发现他们之间的相互作用。

如果你想知道某个圈是什么基因，鼠标放在上面就会出现基因的简介。这么多相互作用想保存下来慢慢研究也可以点矩形框里最下面的那个，可以保存为图片格式、PDF 格式等。

再看看最右边的，分 Physical interactions，Co-expression，Gredicted，Pathway，Co-localization 等，在 Help 里对他们都有详细的介绍，前面有勾，当去掉的时候会发现相互作用的连线少了你去掉勾的，这样就可以分别保存，还是比较直观明了的。再看勾后面的三角，点开会发现下面有很多文献，这些文献是证明，可以下载。

还有很多功能，感兴趣的可以慢慢去探索，比如打开 Cytoscape，那里有更多内容等着你。当然预测基因，蛋白相互作用的网站和软件还有很多，这只是其中一个，比如 STRING，这也是很好的一个网站，如果你想知道的那几个蛋白没有相互作用，但是你又不死心，想看看有没有间接作用，其实可以通过 data setting 的 more protein 增加蛋白的数量。

当然还有很多网站，随便搜索就可以看到很多，比如丁香园的，可以看到有人提供的网站如下，有兴趣的可以看看。

http://arep.med.harvard.edu/johnson/predict/

http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html

http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html