近些年，单细胞思路是生信研究热点，非肿瘤的单细胞数据相对较少，因此巧妙地运用单细胞数据，是提高文章质量的关键。今天分享一篇非肿瘤相关的纯生信文章，将Single-cell和Bulk RNA数据相结合，用常规的分析方法，发表在Frontiers in Immunology上，一起来看看吧。阿尔兹海默症免疫相关基因的表达和潜在调控机制开始这篇文章之前，我们先回顾一下单细胞RNA测序和Bulk RN..... 阅 读 全 部 >
Patch-seq是一种结合了膜片钳记录技术（patch-clamp electrophysiology）、单细胞转录组测序（single-cell RNA sequencing）和形态学分析的新兴技术。这种方法能够在同一个细胞中同时获得电生理特性、基因表达数据和形态学特征。2020年在细胞代谢期刊上发表了题为《Patch-Seq Links Single-Cell T...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
最近很多老师的单细胞文章都纷纷开始投稿，却被文章发表前的临门一脚——GEO数据上传难住了，今天我们就来一起学习下单细胞数据上传GEO的具体操作步骤吧~跟着这份操作指南，上传从此不再犯难！· GEO数据库简介 ·GEO数据库全称Gene Expression Omnibus，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库，主要用来储存二代测序、芯片以及其...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
高质量scRNA-seq数据检索/注释工具：Cell BLAST 嗨，小伙伴们大家好！哈哈~新的一年祝大家牛年大吉，多发paper，多拿基金，工作科研两开花，家庭事业双福气！为配合风哥单细胞测序分析R语言全代码系列，知你所求懂你所需，本着饭喂到嘴边的少妇原则，弘毅给大家带来相关的无代码数据库介绍。这周就从Cell BLAST开始，一款高质量scRNA-seq数据检索/注释工具，一起来康康吧~！ ... 阅 读 全 部 >
导语GUIDE ╲近几年，单细胞的研究蔚然成风，受到很多科研人员的青睐。小编为大家整理了迄今为止，最全的单细胞线上数据库，可以帮助你更准确地进行细胞注释和分析，也可以用作研究前期的数据探索。单细胞数据库分类Human Cell Landscape (HCL)Human Cell Atlas (HCA )Human Protein Atlas (HPA)SC2di...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
单细胞测序技术能够精确细分每个细胞独特的基因表达特征，深入研究细胞间的相互作用关系，在肿瘤免疫等方面成为人们越来越看重的技术，热度也是不断上涨。随着热度的增加，关于单细胞的文献数据也是爆炸性增长！大家在学习单细胞技术和写论文时，很多问题也是爆炸性增长！那么如何快速找到需要的单细胞数据？有哪些好用工具可以帮助我们完成日思夜想的论文？今天小编在这里挑选了一些好用且有特色的单细胞数据库分享给大家。1、P... 阅 读 全 部 >
近日，美国麻省理工学院联合Broad研究所、加州大学等研究团队在 Nature genetics 上发表了题为“Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RNA-seq data”的研究文章。研究人员引入了 单细胞疾病相关性评分（scDRS），这是一种在单细胞... 阅 读 全 部 >
FFPE（formalin fixation and paraffin embedding）样本，即福尔马林固定石蜡包埋的组织样本。它承载了众多疾病的关键信息，又可长期室温保存，所以是病理科当之无愧的“瑰宝”。在世界范围内，大约有数十亿份组织样品存储在医院或生物样本库中，其中绝大多数是FFPE样本。但是，FFPE样本也因为福尔马林的固定容易使组织中的核酸发生不同程度的降解和分子间...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
上期我们介绍了空间转录组冰冻组织样本的制备，那么这期就来聊一聊空间转录组FFPE样本的那些事儿。FFPE样本常用于储存临床上的病理组织，是珍贵的医学研究材料，但由于FFPE样本固定时福尔马林的使用和保存时间久等原因，导致核酸存在不同程度的降解，使得研究基因表达颇为棘手。10x Genomics经过探索推出了Visium FFPE空间基因表达解决方案，不仅突破了这个障碍，能从 FFPE 样本...阅... 阅 读 全 部 >
福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本自诞生以来，凭借着保存时间长、可关联临床及多组学数据等诸多优点，是生物技术研究、药物发现和回顾性基因研究的宝贵资源。不过令人遗憾的是，FFPE样本目前在单细胞研究中的使用却非常少，组学检测项目也相当有限，究其原因是FFPE处理使得样本中的RNA质量下降且存在片段化，所以难以准确评估转录本的表达。为突破这一壁垒，10x Genomics 经过不断优化...阅读全文... 阅 读 全 部 >