承包你单细胞的所有美图_Scillus包Hi，大家好，我是晨曦今天这期推文来自一个小伙伴的留言A同学：曦曦，除了ggplot2以外有没有更方便的方法可以更加丰富的展示我的scRNA-seq的结果，就是类似于scRNA-seq的ggpubr包 晨曦：有的，马上就来~ 基于上面这个感兴趣的话题，我们就来看一下这个单细胞测序可视化的R包——Scillus包，可以承包你关于单细胞的所有美图哦~那么我们开始... 阅 读 全 部 >
单细胞RNA测序（scRNA-seq）是一个新兴的测序技术，通过解析组织中单个细胞的基因表达水平，来研究细胞胞间异质性、区分细胞类型和亚型、识别细胞类型特异性基因及揭示细胞动态过程等。百迈客利用10X Genomics官方软件CellRanger进行数据比对、基因定量以及细胞鉴定。同时cellranger还基于鉴定的细胞进行了细胞亚群分析以及差异表达基因分析。根据cellran...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
文章信息文章：An atlas of the aging lung mapped by single cell transcriptomics and deep tissue proteomics期刊：Nature Communications组学技术：scRNA-seq、mass spectrometry-based proteomics、bulk RNA-seq材料：scRNA-s...阅读全... 阅 读 全 部 >
标记基因筛选（差异分析）与可视化类似普通RNA-seq，10X ScRNA-seq也会进行差异分析。但两者的分析目标通常不同，所以策略上也有所不同，具体请见下表。1分析目标与策略10X ScRNA-seq在细胞分为若干亚群后，一般需要对细胞亚群进行鉴定。亚群鉴定则依赖于标记基因。例如，如果是血液样本，高表达CD79A的亚群为B细胞；高表达CD3D和CD8A的亚群为T细胞。因此，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
10X genomics ScRNA-seq数据的分析，属于群体单细胞数据分析的范畴。分析大体可以分为以下四个步骤（图1）。除了数据质控与过滤属于二代测序通用的步骤外，后续的三个步骤是群体单细胞转录组分析特有的内容，我们下文来一一解析。图1 基础分析步骤细胞过滤10X ScRNA-seq数据可以每个样本获得数千个单细胞的转录组信息。但并非每个单细胞的数据都是合格的，因此需要设立标准进行过...阅读... 阅 读 全 部 >
近年来，ATAC-seq技术成为研究基因表观组学的新利器，在Cell、Nature等顶级期刊发表了多篇高分文章。这些研究主要通过ATAC-seq来研究表观遗传学调控，包括信号通路、细胞发育、疾病发生等，同时结合motif分析来识别哪些转录因子参与基因表达调控。表1 ATAC-seq发表的部分高分文章什么是ATAC-seq？染色质开放区：真核生物染色体是由DNA分子包裹组蛋白形成的核小体结构通过一系... 阅 读 全 部 >
尽管从一群细胞中获得全基因组范围的mRNA表达量对理解生物学机制非常有用，但这种方法只能获得平均基因表达水平，有时候会掩盖，甚至误导一些有意思的生物学现象。幸运的是，随着高通量测序技术的迅速发展，我们可以获得单个细胞的转录组。与大体积（bulk）RNA测序相比，单细胞RNA测序的数据结构虽然与其相同，但也有它不一样的特征：起始RNA极其稀少、分辨率高（resolution，即存在大量的基因有...... 阅 读 全 部 >
2014年，单细胞测序被列为《Nature Methods》年度最重要的方法学进展。通常说的单细胞测序，是指单细胞的mRNA测序。随着单细胞RNA测序技术日渐成熟，可预计将来会有越来越多的单细胞测序应用于科研和临床。细心的读者可能发现，转录时空已经推送了很多单细胞测序领域的文章。针对火热的单细胞测序，我们将对单细胞测序的特点、实验设计、分析方法将一一进行介绍，分享给大家。1-RNA测序特点...阅... 阅 读 全 部 >