单细胞测序技术能够精确细分每个细胞独特的基因表达特征，深入研究细胞间的相互作用关系，在肿瘤免疫等方面成为人们越来越看重的技术，热度也是不断上涨。随着热度的增加，关于单细胞的文献数据也是爆炸性增长！大家在学习单细胞技术和写论文时，很多问题也是爆炸性增长！那么如何快速找到需要的单细胞数据？有哪些好用工具可以帮助我们完成日思夜想的论文？今天小编在这里挑选了一些好用且有特色的单细胞数据库分享给大家。1、P... 阅 读 全 部 >
尽管从一群细胞中获得全基因组范围的mRNA表达量对理解生物学机制非常有用，但这种方法只能获得平均基因表达水平，有时候会掩盖，甚至误导一些有意思的生物学现象。幸运的是，随着高通量测序技术的迅速发展，我们可以获得单个细胞的转录组。与大体积（bulk）RNA测序相比，单细胞RNA测序的数据结构虽然与其相同，但也有它不一样的特征：起始RNA极其稀少、分辨率高（resolution，即存在大量的基因有0..... 阅 读 全 部 >
Hi，大家好，我是晨曦最近晨曦在处理一些单细胞的数据，所以在不断的处理中，也是感觉到以前学习的一些知识或多或少有了些许的遗忘，感觉确实需要反复且用笔记录一下自己学习的痕迹，MR分析并不会就此搁浅，会穿插在单细胞中间断性更新那么本期推文的主题，我们来聊一聊单细胞基因集富集分析~那么，我们开始吧一、单细胞基因富集分析算法一个不算正式的引言：目前来说，基于基因集进行分析已经开发出来了很多成体系的R包或者... 阅 读 全 部 >
10X Genomics测得的单细胞数据是包含细胞及其表达量在内的高维数据，无论是PCA还是tSNE都是纯数学的数据降维方式，以此得到的细胞分群不具有生物学意义，故而我们通常需要赋予细胞分群以生物学含义即完成细胞亚群到细胞亚型的映射。在这一过程中，我们需要解决两个问题：（1）已知细胞亚型的鉴定，如外周血样品中鉴定红细胞、单核细胞等对应哪些细胞亚群；（2）未知细胞亚群或罕见细胞亚型的鉴定，如肝脏样品... 阅 读 全 部 >
Seurat对象剖析以及Seurat Command List前景回顾首次揭秘！不做实验也能发10+SCI，CNS级别空间转录组套路全解析（附超详细代码！）过关神助！99%审稿人必问，多数据集联合分析，你注意到这点了吗？太猛了！万字长文单细胞分析全流程讲解，看完就能发文章！建议收藏！（附代码）秀儿！10+生信分析最大的难点在这里！30多种方法怎么选？今天帮你解决！ ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
高通量测序（NGS）技术的发展以及实验通量的不断增加，要求NGS上游样本处理步骤尽可能简便，以提高NGS整个流程的工作效率。转座系统具有快速“剪切、粘贴”、“复制、粘贴”的功能，已被创新应用于NGS领域，如ATAC-Seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing，利用高通量测序检测转座酶易接... 阅 读 全 部 >
承包你单细胞的所有美图_Scillus包Hi，大家好，我是晨曦今天这期推文来自一个小伙伴的留言A同学：曦曦，除了ggplot2以外有没有更方便的方法可以更加丰富的展示我的scRNA-seq的结果，就是类似于scRNA-seq的ggpubr包 晨曦：有的，马上就来~ 基于上面这个感兴趣的话题，我们就来看一下这个单细胞测序可视化的R包——Scillus包，可以承包你关于单细胞的所有美图哦~那么我们开始... 阅 读 全 部 >
单细胞RNA测序（scRNA-seq）是一个新兴的测序技术，通过解析组织中单个细胞的基因表达水平，来研究细胞胞间异质性、区分细胞类型和亚型、识别细胞类型特异性基因及揭示细胞动态过程等。百迈客利用10X Genomics官方软件CellRanger进行数据比对、基因定量以及细胞鉴定。同时cellranger还基于鉴定的细胞进行了细胞亚群分析以及差异表达基因分析。根据cellran...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
文章信息文章：An atlas of the aging lung mapped by single cell transcriptomics and deep tissue proteomics期刊：Nature Communications组学技术：scRNA-seq、mass spectrometry-based proteomics、bulk RNA-seq材料：scRNA-s...阅读全... 阅 读 全 部 >
标记基因筛选（差异分析）与可视化类似普通RNA-seq，10X ScRNA-seq也会进行差异分析。但两者的分析目标通常不同，所以策略上也有所不同，具体请见下表。1分析目标与策略10X ScRNA-seq在细胞分为若干亚群后，一般需要对细胞亚群进行鉴定。亚群鉴定则依赖于标记基因。例如，如果是血液样本，高表达CD79A的亚群为B细胞；高表达CD3D和CD8A的亚群为T细胞。因此，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
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