福尔马林固定石蜡包埋的组织样本（FFPE）作为长期保存病理样本的金标准，已经存档了大量生物样品，不过这些被存档样品却因为前期固定包埋的时候，发生了核酸片段化、蛋白与核酸交联等情况，导致其价值无法被最大程度利用。随着基础研究和分子生物学相关技术的不断发展，FFPE样本的技术局限逐渐被破解，如今不仅可以在FFPE样本上开展单细胞转录组测序和空间转录组测序研究，还能同时进行空间原位多靶标蛋白检测，这..... 阅 读 全 部 >
福尔马林固定石蜡包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded，FFPE）样本是临床上长期保存病理样本的常用方法，其可以和有价值的临床数据（如患者临床资料，患者生存预后信息，用药和治疗疗效等）相关联，为确定疾病的发生发展机制研究、生物标志物和药物靶标提供了巨大的资源 ，是进行回顾性研究的不二之选。但这种FFPE处理方式会使组织中的核酸发生不同程度的降解，在过去由于技术...... 阅 读 全 部 >
跟着Nature Communication学绘图之Figure 1A + Supplementary Figure 1A大家好，我是阿琛。在上一期内容中，我们介绍了如何下载TCGA数据库，TARGET数据库，CCLE数据库等来源的表达数据，以及注释信息的初步整理（“ 首发！跟着IF12的NC学单细胞测序分析，超详细！专为小白定制！（附代码） ”）。 一图胜千言。数据下载完成后，接下来我们先需要对... 阅 读 全 部 >
编者按受体配体的相互作用是复杂器官实现细胞间信息交流的途径，肝脏作为哺乳动物体内重要的器官之一，其细胞通讯网络图谱一直未被阐明，本研究将健康和非酒精性脂肪性肝炎小鼠肝脏中的非实质细胞进行单细胞测序，为健康和疾病中的肝脏细胞间通讯和重编程提供了新的见解。基本信息样本：健康和非酒精性脂肪性肝炎小鼠肝脏（n=6）方法：10x Genomics单细胞转录组测序年份：2019期刊...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
01前言实际的科研项目中不可能只有一个样本，多样本的单细胞数据如何合并在一起，是否需要校正批次效应呢？先上一张图说明多样本scRNA数据的批次效应：左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起，不考虑去除批次效应，样本之间有明显的分离现象。右边的图是使用算法校正批次效应，不同的样本基本融和在一起了。scRNA数据校正批次效应的算法有很多：MNN, CCA+MNN, Harmony, Scanor..... 阅 读 全 部 >
每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
通过单细胞转录组测序技术得到海量细胞的表达矩阵，可以对细胞亚群做聚类、注释，鉴定亚群markergenes，寻找组间差异调控网络，绘制组织特异性图谱.....除了这些基本分析思路外，还有没有其他方法可以挖掘出隐藏在丰富数据里的宝藏呢？今天细胞轨迹分析告诉你~一个组织样本中同时含有处于不同分化阶段的细胞，单细胞转录组测序技术一个样本可检测上千甚至上万个细胞，记录下样本中成千上万个细胞的瞬时信息，..... 阅 读 全 部 >
在单细胞样本制备过程中，新鲜组织经历解离-离心-重悬-过滤-质控（计数和活率）-上机等步骤。这一过程具有破坏性，根据裂解后的细胞释放出的mRNA反转录成的cDNA进行测序，不可避免地导致 失去了不同细胞之间的空间位置信息和细胞分化情况。单细胞轨迹分析应运而生，轨迹分析可以通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程，帮助人们从单细胞水平推断细胞之间的演化及分化过程。简单来讲 细胞轨迹...... 阅 读 全 部 >
Hi，大家好，我是晨曦根据各位小伙伴的私聊以及前几期推文的阅读量来看，可能Python并不能并不是十分契合现阶段小伙伴的需求，而且也有小伙伴私信晨曦，希望晨曦可以再更新一些单细胞相关的分析内容，说自己常规的细胞轨迹分析、细胞通讯分析以及转录因子分析已经不能满足自己的需求了~那么好，晨曦接下来会更新一些单细胞新出的高阶分析，争取做一个单细胞高阶分析“百科全书”，也希望各位小伙伴如果觉得内容不错，也欢... 阅 读 全 部 >
虽然单细胞转录组测序记录的是细胞在某一个瞬时的状态，但是我们可以基于大量单细胞转录组数据的轨迹推断出细胞的动态变化过程，包括分化、成熟、对刺激的反应和细胞周期。目前，主要有两种细胞轨迹分析的方法：拟时序分析（pseudotime analysis）和 RNA速度分析（RNA velocity）。拟时序分析根据细胞表达模式的相似性将细胞按轨迹进行排列；RNA速度分析利用未拼接和拼接转录...阅读全文... 阅 读 全 部 >