在转录组测序（RNA-Seq）中，对基因或转录本的read counts数目进行标准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度。基因长度的影响：在同一个样本中，基因越长，随机打断得到的片段就越多，该基因被测到的概率就越大，比对到该基因的reads就越多。测序深度的影响：不同样本中，样本的测序深度越高...阅读全文... 阅 读 全 部 >
来源自：华大科技知识库组学研究细胞、组织或是整个生物体内某种分子（DNA、RNA、蛋白质、代谢物或其他分子）的所有组成内容，称之为“组学”（-omics），”-omics”术语代表了对怎样思考生物学和生物体系工作方式的重新定位。组学研究包括对基因组及基因产物（转录子组和蛋白质组）的系统生物学研究，随后必然要上升到细胞机制、分子机制和系统生物学的水平。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
软件及参考基因组BWA, Samtools, Hisat2, HTseq, gffcompare, Stringtie, Ballgown，RB73-V3, B73-V4(Enzampl database)流程protocol首先从原始RAN-seq数据入手，先经过质控fastqc，之后检测rRNA占比，去除杂的reads之后进行数据处理；使用HISAT2将读段匹配到参考基因组上,可提...阅读全... 阅 读 全 部 >
不知各位小伙伴是否有过这样的体验：拿到一份新鲜出炉的转录组测序结果，热火朝天地查找文献、挖掘信息，最终确定了目标基因，正准备设计引物进行qPCR验证时，却发现怎么都找不到基因的序列。于是便有了以下这段对话：由于篇幅有限，这次我们先来学习一下如何在Ensembl数据库查找目标基因序列。话不多说，让我们开始吧！在Ensembl数据库查找目标基因序列利用Ensembl数据库查找目标序列较...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
转录组项目有很多老师反馈自己的RNA-Seq样本提取完整性差、提取量不足，下机数据质量差，分析结果不理想等问题，影响自己的课题进度。目前有针对分析条件的优化，但“RNA-Seq千里之行，始于样本”，保证RNA提取的完整性与总量，是RNA-Seq的第一步，也是很重要的一步！从源头分析，您的样本准备做好了吗？由于RNA样本的特殊性：1）结构的特殊性，（相比于DNA）极易降解；2）RNA酶非...阅读全... 阅 读 全 部 >