2021 08-24 NGS基础概念 来源自:华大科技知识库组学研究细胞、组织或是整个生物体内某种分子(DNA、RNA、蛋白质、代谢物或其他分子)的所有组成内容,称之为“组学”(-omics),”-omics”术语代表了对怎样思考生物学和生物体系工作方式的重新定位。组学研究包括对基因组及基因产物(转录子组和蛋白质组)的系统生物学研究,随后必然要上升到细胞机制、分子机制和系统生物学的水平。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2021 08-18 玉米RNA-seq测序数据差异基因分析 软件及参考基因组BWA, Samtools, Hisat2, HTseq, gffcompare, Stringtie, Ballgown,RB73-V3, B73-V4(Enzampl database)流程protocol首先从原始RAN-seq数据入手,先经过质控fastqc,之后检测rRNA占比,去除杂的reads之后进行数据处理;使用HISAT2将读段匹配到参考基因组上,可提...阅读全... 阅 读 全 部 >
2021 07-31 干货 | 如何查找目标基因序列?掌握这几招就够了!(Ensembl篇) 不知各位小伙伴是否有过这样的体验:拿到一份新鲜出炉的转录组测序结果,热火朝天地查找文献、挖掘信息,最终确定了目标基因,正准备设计引物进行qPCR验证时,却发现怎么都找不到基因的序列。于是便有了以下这段对话:由于篇幅有限,这次我们先来学习一下如何在Ensembl数据库查找目标基因序列。话不多说,让我们开始吧!在Ensembl数据库查找目标基因序列利用Ensembl数据库查找目标序列较...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021 07-14 转录组测序,样本如何准备? 转录组项目有很多老师反馈自己的RNA-Seq样本提取完整性差、提取量不足,下机数据质量差,分析结果不理想等问题,影响自己的课题进度。目前有针对分析条件的优化,但“RNA-Seq千里之行,始于样本”,保证RNA提取的完整性与总量,是RNA-Seq的第一步,也是很重要的一步!从源头分析,您的样本准备做好了吗?由于RNA样本的特殊性:1)结构的特殊性,(相比于DNA)极易降解;2)RNA酶非...阅读全... 阅 读 全 部 >