2021
08-18
08-18
玉米RNA-seq测序数据差异基因分析
软件及参考基因组BWA, Samtools, Hisat2, HTseq, gffcompare, Stringtie, Ballgown，RB73-V3, B73-V4(Enzampl database)流程protocol首先从原始RAN-seq数据入手，先经过质控fastqc，之后检测rRNA占比，去除杂的reads之后进行数据处理；使用HISAT2将读段匹配到参考基因组上,可提...阅读全... 阅 读 全 部 >
如果大家想要了解测序原理，参考文章（ 测序产生了那么多数据，你知道测序的原理吗？ ）； 如果大家想要了解测序数据格式，参考文章（）本文介绍RNA-seq的具体分析流程。1、cutadapt去接头我们拿到的测序数据一般是带有接头的fastq格式文件，需要用cutadapt把接头去掉。具体代码如下：#cut NAT sample#-u 20(正值u表示切除R1的前20个碱基) -u -30（负值u表示...