2022 05-14 RNA-seq装备太简单?高级分析助你升级打怪~ RNA-seq是目前最广泛应用的高通量测序技术之一,其研究难点已经不再是如何获取大量表达数据信息,而是如何挖掘大量测序数据背后所蕴含的生物学意义,因此标准分析已经不能满足深入挖掘数据的需求,安诺转录组高级分析,通过深层剖析让你的测序数据物尽其用~1. 基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, WGCNA)如今多样本分析逐渐成为趋... 阅 读 全 部 >
2022 05-03 Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这 编译 |生信宝典,May校对 |生信宝典生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础 、 高颜值在线绘图和分析 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 )、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程 )、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医...阅读... 阅 读 全 部 >
2022 04-22 RNA-Seq项目常见问题与解答 这两年随着测序成本的下降和转录组研究的日渐火热,RNA-seq俨然已经成为了分子生物学课题组推进项目的首选方向。在我们接触的转录组项目中,有些老师对项目分析结果存在或多或少不清楚或有疑惑的地方。那么春天来了,花儿开了,今天福利也到了,我们特意将转录组项目中常见的一些问题进行了汇总,各位老师可以按需自取哈。1.如何判定生物学重复一致性的高低?生物学重复统计方法及公式答:(1)皮尔逊相...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021 08-18 玉米RNA-seq测序数据差异基因分析 软件及参考基因组BWA, Samtools, Hisat2, HTseq, gffcompare, Stringtie, Ballgown,RB73-V3, B73-V4(Enzampl database)流程protocol首先从原始RAN-seq数据入手,先经过质控fastqc,之后检测rRNA占比,去除杂的reads之后进行数据处理;使用HISAT2将读段匹配到参考基因组上,可提...阅读全... 阅 读 全 部 >
2021 07-26 RNA-seq数据分析流程详解 如果大家想要了解测序原理,参考文章( 测序产生了那么多数据,你知道测序的原理吗? ); 如果大家想要了解测序数据格式,参考文章()本文介绍RNA-seq的具体分析流程。1、cutadapt去接头我们拿到的测序数据一般是带有接头的fastq格式文件,需要用cutadapt把接头去掉。具体代码如下:#cut NAT sample#-u 20(正值u表示切除R1的前20个碱基) -u -30(负值u表示... 阅 读 全 部 >