2022 04-29 一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程 转录组测序的最直接目的,就是设法寻找组间显著表达变化的基因,解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。例如,肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调,这些失调分子是否是引发或加速肿瘤进程的潜在因素?逆境胁迫下的植物体中哪些基因表达显著激活,这些激活的基因是否有利于植物应对高温、干旱、盐胁迫等不利环境。那么,如何基于转录组测序获得的定量表达值,识别差异表达变化的基...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022 04-26 画图专题 | 火山图Volcano Plot 一般做完RNA的差异表达分析后,会有一堆的结果与数据。那么,怎么样让你的分析结果在paper中以更加直观形象(好看炫酷)的方式展示出来呢?前面我们已经出过【画图专题】史上最详细画热图函数pheatmap()参数讲解。下面小编介绍另外一种展示方式:火山图(Volcano Plot)。首先,我们要注意两个重要概念:FDR(False Discovery Rate)在差异表达分析过程中,采用统计学方法对... 阅 读 全 部 >
2022 04-23 基因芯片数据分析--芯片数据预处理 基因芯片(Gene chip)(又称DNA芯片、生物芯片)最初是80年代中期提出的。它是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列,其工作的基本原理是通过碱基互补配对检测生物信息。即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法,在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG,与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配...阅读... 阅 读 全 部 >
2022 04-22 RNA-Seq项目常见问题与解答 这两年随着测序成本的下降和转录组研究的日渐火热,RNA-seq俨然已经成为了分子生物学课题组推进项目的首选方向。在我们接触的转录组项目中,有些老师对项目分析结果存在或多或少不清楚或有疑惑的地方。那么春天来了,花儿开了,今天福利也到了,我们特意将转录组项目中常见的一些问题进行了汇总,各位老师可以按需自取哈。1.如何判定生物学重复一致性的高低?生物学重复统计方法及公式答:(1)皮尔逊相...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022 04-15 转录组专题—关于差异分析相关问题解答 转自基迪奥生物上期我们分享了关于样本重复性问题的一些小技巧 ,在我们突破第一关,做好样本关系分析后,这时在转录组测序获得的茫茫基因中,该如何找到心仪的目标基因呢?毕竟我们真正关心的是与处理效应相关的基因,而差异表达的基因才往往是造成组间差别的驱动因素。因此我们需要特定的方法找出这些差异基因,这种方法就是差异分析。本文针对在做差异分析时大家可能经常存在的疑点,如为什么是基于负二项分布?以及进行差..... 阅 读 全 部 >