转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。例如，肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调，这些失调分子是否是引发或加速肿瘤进程的潜在因素？逆境胁迫下的植物体中哪些基因表达显著激活，这些激活的基因是否有利于植物应对高温、干旱、盐胁迫等不利环境。那么，如何基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
一般做完RNA的差异表达分析后，会有一堆的结果与数据。那么，怎么样让你的分析结果在paper中以更加直观形象（好看炫酷）的方式展示出来呢？前面我们已经出过【画图专题】史上最详细画热图函数pheatmap()参数讲解。下面小编介绍另外一种展示方式：火山图（Volcano Plot）。首先，我们要注意两个重要概念：FDR（False Discovery Rate）在差异表达分析过程中，采用统计学方法对... 阅 读 全 部 >
基因芯片(Gene chip)（又称DNA芯片、生物芯片）最初是80年代中期提出的。它是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过碱基互补配对检测生物信息。即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配...阅读... 阅 读 全 部 >
这两年随着测序成本的下降和转录组研究的日渐火热，RNA-seq俨然已经成为了分子生物学课题组推进项目的首选方向。在我们接触的转录组项目中，有些老师对项目分析结果存在或多或少不清楚或有疑惑的地方。那么春天来了，花儿开了，今天福利也到了，我们特意将转录组项目中常见的一些问题进行了汇总，各位老师可以按需自取哈。1．如何判定生物学重复一致性的高低？生物学重复统计方法及公式答：（1）皮尔逊相...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
转自基迪奥生物上期我们分享了关于样本重复性问题的一些小技巧 ，在我们突破第一关，做好样本关系分析后，这时在转录组测序获得的茫茫基因中，该如何找到心仪的目标基因呢？毕竟我们真正关心的是与处理效应相关的基因，而差异表达的基因才往往是造成组间差别的驱动因素。因此我们需要特定的方法找出这些差异基因，这种方法就是差异分析。本文针对在做差异分析时大家可能经常存在的疑点，如为什么是基于负二项分布？以及进行差..... 阅 读 全 部 >