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2023
06-24

看过三体吗？代谢组学解决方案也能那么科幻

时维深冬，蒹葭仍苍，想到诗经中的意境，小编禁不住要为我们的产品赋一首属于这个季节的古风歌。彼组学之华兮，在水一方。求之不得兮，寤寐思服。爰赛默飞解决方案之厥功兮，大功可期。——吴泽明赛默飞代谢组学解决方案之蒙太奇——三体舰队来袭！列位客官也看出来了小编是个玩质谱的文青。今天小编我就用电影镜头语言来重现赛默飞代谢组学解决方案的三个应用场景。小编爱质谱也爱科幻，近期在二刷偶像大刘的《三体》。想着 ..... 阅 读 全 部 >
2023
06-23

干货第一弹！多组学联合分析之代谢组FAQ

代谢组是对生物体内代谢产物全谱分析的一种研究手段，代谢产物包括核酸、蛋白质、脂类生物大分子以及其他小分子物质，目前主要是检测1000Da以下的物质。代谢组研究具有高通量的检测能力、高灵敏度和准确度、非侵入性、非破坏性、全面性、数据资源整合等特点。通过LC-MS/GC-MS评估生物体或细胞产生的代谢产物的水平以及变化，可以进一步研究这些代谢产物与转录组学差异基因或微生物的关系。在这个系统生物学...... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

【Science/Cell Sys】背靠多组学大数据 科学家设计更加“智能”的细胞疗法

导言：寻找既能杀死癌细胞又能使正常组织毫发无损的疗法是肿瘤学研究的“圣杯”。近年来，虽然细胞免疫治疗取得了长足的发展，然而实现对癌细胞的精准靶向仍然具有挑战性。近期，在两篇新的论文中，加州大学旧金山分校和普林斯顿大学的科学家们提出了一些互补的策略，用“智能”细胞疗法来解决这一问题。在9月23日发表于的《Cell System》的论文中，研究人员利用机器学习算法，分析了癌细胞和正常细胞中数...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

Nature重磅综述 | 利用组学大数据评估人的生物学年龄

机器学习的兴起为大数据时代掀起新的浪潮。机器学习是人工智能的一个子集，通过泛型算法从数据集中发现模式和相关性并建立逻辑，并根据数据分析结果做出最佳决策和预测。目前机器学习已大量应用于各行各业，助力各产业或科学研究的深度提升。美国加州斯坦福大学的Tony Wyss-Coray团队于2022年6月在Nature Reviews Genetics上发表的一篇名为“Measuring biolo...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
06-16

组学研究揭示不同牛品种的DNA甲基化、染色质和基因表达互作机制

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在全球范围内，牛为60多亿人提供了重要的营养来源。传染病是养牛生产的主要限制因素，且许多疾病人畜共患，因此与人类健康直接相关。近年来牛的许多复杂性状遗传基础得到了广泛研究，但不同动物的大量重要表型变化仍无法解释，人们越来越关注非遗传变异（包括基因表达、DNA甲基化和染色质）与重要牛表型的潜在相关性。为充分了解牛性状的非遗...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
04-28

宏基因组鉴定病毒流程中需要的生物信息工具

许多流行病的爆发都是病毒引起的，面对新的传染性基因组出现的最佳策略是及时识别，以便于在感染开始时立即实施相应措施。目前可用的诊断测试仅限于检测新的病理因子。适用于同时检测存在的任何病原体的高通量方法可能比使用基于当前方法的大量单独测试更有优势。宏基因组学测序、全基因组测序和靶向深度测序是目前用于病毒遗传鉴定和表征的最佳工具。通过使用这些技术，可以正确的对病毒进行分类，确定...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

信号通路的富集（KEGG）

使用R语言clusterProfiler包进行KEGG富集分析（有参分析）我们在前面的视频教程中，为大家讲述了GO、KEGG富集分析的基本原理，并展示了如何使用DAVID进行GO富集在线分析的过程，详情请添加微信公众号查看“没想到基因GO富集分析这么简单”。本节继续以R语言clusterProfiler包中的方法为例，展示如何进行KEGG富集分析。下文使用的测试数据和R代码等，可添...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
05-03

用超经典的mzmine2，对代谢物进行对峰

提到代谢组学峰比对，不得不提到一款老牌的比对软件，它就是MZmine2。它发表于2010年，前身是MZmine，发表于2006年，可谓是十分经典的一款代谢组学峰比对软件。MZmine 2的功能有很多，它是一款基于JAVA开发的开源软件，可以用于处理代谢组学profile数据，并且具有可视化和很多的分析功能。MZmine 2的一部分功能基于R，所以首先需要安装R环境，并且安装一些依赖包：instal... 阅 读 全 部 >
2022
05-03

两个在线网站搞定KEGG通路富集分析！

在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天就来介绍一下如何使用在线分析工具DAVID与KOBAS的进行KEGG通路富集分析。操作步骤进入DAVIDhttps://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp上传基因列表选择物种开始分析选择转换选择格式，按照ENTREZ_GENE_ID转... 阅 读 全 部 >
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