2022 04-26 画图专题 | 火山图Volcano Plot 一般做完RNA的差异表达分析后,会有一堆的结果与数据。那么,怎么样让你的分析结果在paper中以更加直观形象(好看炫酷)的方式展示出来呢?前面我们已经出过【画图专题】史上最详细画热图函数pheatmap()参数讲解。下面小编介绍另外一种展示方式:火山图(Volcano Plot)。首先,我们要注意两个重要概念:FDR(False Discovery Rate)在差异表达分析过程中,采用统计学方法对... 阅 读 全 部 >
2022 04-02 微生物多样性和代谢组联合分析新方法mmvec 这个春天注定让人印象深刻,新型冠状病毒的爆发和蔓延牵动着亿万同胞的心,虽然疫情防控严峻复杂,但全国人民万众一心,终于取得了一定的阶段性的成果。今天小欧就为即将复工战斗在科研一线的小伙伴们送上福利,介绍一篇由加州大学圣地亚哥分校儿科和微生物创新中心、加州大学计算机科学与工程系和质谱创新中心合作,于2019年11月发表在Nature methods 上题为Learning represent...阅读... 阅 读 全 部 >
2021 08-25 蛋白组学/代谢组学如何快速从主流数据库中获取人/小鼠数据? 随着生物科技的迅速发展,每天都会有海量的生物学数据产生,如何有效的分析这些“生物学大数据”?生物信息学的应用变得尤为重要,在生物领域从基因测序,到基因编辑,再到基因疗法的精准医疗,由生物科技引发的又一场变革正悄然而至。试问大家做好准备迎接它到来了吗?本次分享的主题为:如何快速获取海量数据?我们就从物种的DNA或蛋白质序列说起,在我们的科学研究中下载序列是一件简单不过的事情,无非就是...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021 08-25 单细胞转录组+蛋白组+bulk RNAseq!多组学绘制全面肺衰老图谱 文章信息文章:An atlas of the aging lung mapped by single cell transcriptomics and deep tissue proteomics期刊:Nature Communications组学技术:scRNA-seq、mass spectrometry-based proteomics、bulk RNA-seq材料:scRNA-s...阅读全... 阅 读 全 部 >
2021 08-18 生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗? 生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据 fastq 之外,还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 gtf 格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如 bed 、 bed12 、 sam 、 bam 、 wig 、 bigwig 、 bedgraph 等,生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义,以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2021 08-17 【干货分享】宏组学最新最潮分析方法大盘点 宏基因组(Metagenome)和宏转录组(Metatranscriptome)是通过鸟枪法测序技术(Shotgun sequencing),结合全微生物组关联分析(Microbiome-Wide Association Studies,MWAS)的策略,分别从DNA/RNA水平,全面精细地展示整个微生物群落的物种组成谱、功能代谢谱、表达谱,进而从原理上阐明微生物群落在生态系统中发挥...阅读全文... 阅 读 全 部 >