提到代谢组学峰比对，不得不提到一款老牌的比对软件，它就是MZmine2。它发表于2010年，前身是MZmine，发表于2006年，可谓是十分经典的一款代谢组学峰比对软件。
MZmine 2的功能有很多，它是一款基于JAVA开发的开源软件，可以用于处理代谢组学profile数据，并且具有可视化和很多的分析功能。 MZmine 2的一部分功能基于R，所以首先需要安装R环境，并且安装一些依赖包： install.packages(c("Rserve", "ptw", "gplots", "baseline", "hyperSpec","ggplot2")) source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("xcms") biocLite("CAMERA") biocLite("PROcess") 运行mzmine并导入数据
选中所有文件 
选中批量模式
选中需要的配置文件
点击OK开始分析
分析好了
可以查看比对的结果，提取出相应的保留时间和质荷比查看
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