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2022
05-03

用超经典的mzmine2,对代谢物进行对峰

提到代谢组学峰比对,不得不提到一款老牌的比对软件,它就是MZmine2。它发表于2010年,前身是MZmine,发表于2006年,可谓是十分经典的一款代谢组学峰比对软件。

MZmine 2的功能有很多,它是一款基于JAVA开发的开源软件,可以用于处理代谢组学profile数据,并且具有可视化和很多的分析功能。 MZmine 2的一部分功能基于R,所以首先需要安装R环境,并且安装一些依赖包: install.packages(c("Rserve", "ptw", "gplots", "baseline", "hyperSpec","ggplot2")) source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("xcms") biocLite("CAMERA") biocLite("PROcess") 运行mzmine并导入数据 选中所有文件 选中批量模式

选中需要的配置文件点击OK开始分析

分析好了

结果已保存在E盘下

可以查看比对的结果,提取出相应的保留时间和质荷比查看

可以查看比对的基本信息

查看比对的相关性点状图




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作者:萌小白
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