提到代谢组学峰比对,不得不提到一款老牌的比对软件,它就是MZmine2。它发表于2010年,前身是MZmine,发表于2006年,可谓是十分经典的一款代谢组学峰比对软件。
MZmine 2的功能有很多,它是一款基于JAVA开发的开源软件,可以用于处理代谢组学profile数据,并且具有可视化和很多的分析功能。 MZmine 2的一部分功能基于R,所以首先需要安装R环境,并且安装一些依赖包: install.packages(c("Rserve", "ptw", "gplots", "baseline", "hyperSpec","ggplot2")) source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("xcms") biocLite("CAMERA") biocLite("PROcess") 运行mzmine并导入数据![](https://www.maimengkong.com/content/uploadfile/202205/3b1ae44dcda459bdb222ddfce434629620220511134855.png)
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选中需要的配置文件
点击OK开始分析
分析好了
可以查看比对的结果,提取出相应的保留时间和质荷比查看
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