2023 03-04 CNVnator和CNVpytor的使用—科研必备知识 CNVnator可用于分析全基因组CNV。软件依赖于root框架以及samtools。最终的可视化也是依赖于root软件,另外还有衍生的拓展程序CNVpytor。从更新时间以及介绍页面看,CNVpytor貌似能更好的出图。安装CNVnator的安装git clone https://github.com/abyzovlab/CNVnator.git...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 03-03 69 种基于全基因组测序数据分析结构变异的算法评估 在 6 月份,基因组学领域的权威期刊Genome Biology发表了一篇方法学评估类文章,在这篇文章中作者系统地分类和评估了目前主要的69种基于全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)数据分析结构变异的算法/方法:Comprehensive evaluation of structural variation detection algorithms for ...... 阅 读 全 部 >
2022 05-11 ChromImpute—一款大型系统生物学表观组学分析软件 ChromImpute是一款用于大规模系统表观基因组分析的软件。在大规模的系统表观组学分析中,缺失值的存在是不可避免的,为了尽可能的减小缺失值对结果的影响,这个时候我们就需要一款这样的软件,可以基于大量的数据集进行训练,从而对缺失值进行科学的插补,达到即使存在缺失值也不对最终的结果形成影响的效果。上图是经ChromImpute处理的数据,可以看到,蓝色部分是真实的观察值,红色部分是插值后的结果,经... 阅 读 全 部 >
2022 05-05 没有服务器想快速查看高通量比对数据?Tablet可以帮你 高通量序列比对文件一般可以使用服务器查看,但是如果没有服务器,我们该如何查看呢?这时,就该Tablet软件出场了!操作步骤我们首先下载安装好Tablet软件首先,我们准备好高通量序列比对的结果文件,可以是以下格式。BAMSAMACEAFGMAQSOAPAligner这里,我们以BAM文件为例,首先,点击open这里,我们准备好BAM文件和基因组注释GTF文件打开后,可以看到CONTIG界面,我们可... 阅 读 全 部 >
2022 05-01 差异基因表达分析,如何寻找差异表达的基因? 这里我们就要讲讲如何从海量的芯片数据中寻找到差异表达的基因。首先,我们得知道为什么我们需要找这些差异表达的基因。其实在肿瘤的发生发展过程中,很多平时沉默的基因开始高表达,而原本那些正常表达的基因,它们的表达量可能就会下调。也恰恰这些与平时正常基因表达量发生变化的基因,它们的存在启动了肿瘤的发生。所以,如果我们要研究肿瘤发生的机制,研究这些差异表达的基因是必不可少的。利用在线工具...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2021 08-18 生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗? 生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据 fastq 之外,还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 gtf 格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如 bed 、 bed12 、 sam 、 bam 、 wig 、 bigwig 、 bedgraph 等,生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义,以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2021 08-17 【干货分享】宏组学最新最潮分析方法大盘点 宏基因组(Metagenome)和宏转录组(Metatranscriptome)是通过鸟枪法测序技术(Shotgun sequencing),结合全微生物组关联分析(Microbiome-Wide Association Studies,MWAS)的策略,分别从DNA/RNA水平,全面精细地展示整个微生物群落的物种组成谱、功能代谢谱、表达谱,进而从原理上阐明微生物群落在生态系统中发挥...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2021 04-26 XMind 2021 v11.0.0绿色版 软件介绍 XMind 2021 正式发布,这款全新的思维导图和头脑风暴软件,2021版优化了结构采用全新设计、主要新增了演说模式、提供多种不同结构和配色风格供选择、增加了更多主题形状、支持修改多种图片样式。 XMind是一款专业的全球领先的商业思维导图软件,在国内使用广泛,拥有强大的功能、包括思维管理、商务演示、与办公软件协同工作等功能。它采用全球先进的EclipseR...阅... 阅 读 全 部 >
2021 02-15 Photoshop 2021 v22.2.0 软件介绍 Adobe Photoshop(简称PS)是全球最流行的图像处理软件,知名图像及照片后期处理大型专业软件。Adobe Photoshop 是 Adobe Creative Cloud 创意云里的专业图片处理编辑软件产品,Photoshop 是数字图象处理的业界标准,提供广泛的专业润饰工具套件,并集成了专门为激发灵感而设计的强大编辑功能。 软件截图更新日志&a... 阅 读 全 部 >
2018 11-13 安卓无限领移动流量软件稳 想用软件的可以用软件,5分钟接一次验证码提交即可,亲测撸了几十G稳.lanzous.大小:2.5mb | 来源:安卓无限领移动流量软件稳已经过安全软件检测无毒,请您放心下载。阅读全文>>... 阅 读 全 部 >