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2023
03-03

69 种基于全基因组测序数据分析结构变异的算法评估

在 6 月份，基因组学领域的权威期刊Genome Biology发表了一篇方法学评估类文章，在这篇文章中作者系统地分类和评估了目前主要的69种基于全基因组测序（whole genome sequencing，WGS）数据分析结构变异的算法/方法：Comprehensive evaluation of structural variation detection algorithms for ...... 阅 读 全 部 >
2022
05-11

ChromImpute—一款大型系统生物学表观组学分析软件

ChromImpute是一款用于大规模系统表观基因组分析的软件。在大规模的系统表观组学分析中，缺失值的存在是不可避免的，为了尽可能的减小缺失值对结果的影响，这个时候我们就需要一款这样的软件，可以基于大量的数据集进行训练，从而对缺失值进行科学的插补，达到即使存在缺失值也不对最终的结果形成影响的效果。上图是经ChromImpute处理的数据，可以看到，蓝色部分是真实的观察值，红色部分是插值后的结果，经... 阅 读 全 部 >
2022
05-05

没有服务器想快速查看高通量比对数据？Tablet可以帮你

高通量序列比对文件一般可以使用服务器查看，但是如果没有服务器，我们该如何查看呢？这时，就该Tablet软件出场了！操作步骤我们首先下载安装好Tablet软件首先，我们准备好高通量序列比对的结果文件，可以是以下格式。BAMSAMACEAFGMAQSOAPAligner这里，我们以BAM文件为例，首先，点击open这里，我们准备好BAM文件和基因组注释GTF文件打开后，可以看到CONTIG界面，我们可... 阅 读 全 部 >
2022
05-01

差异基因表达分析，如何寻找差异表达的基因？

这里我们就要讲讲如何从海量的芯片数据中寻找到差异表达的基因。首先，我们得知道为什么我们需要找这些差异表达的基因。其实在肿瘤的发生发展过程中，很多平时沉默的基因开始高表达，而原本那些正常表达的基因，它们的表达量可能就会下调。也恰恰这些与平时正常基因表达量发生变化的基因，它们的存在启动了肿瘤的发生。所以，如果我们要研究肿瘤发生的机制，研究这些差异表达的基因是必不可少的。利用在线工具...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2021
08-18

生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗？

生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据 fastq 之外，还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 gtf 格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如 bed 、 bed12 、 sam 、 bam 、 wig 、 bigwig 、 bedgraph 等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2021
08-17

【干货分享】宏组学最新最潮分析方法大盘点

宏基因组（Metagenome）和宏转录组（Metatranscriptome）是通过鸟枪法测序技术（Shotgun sequencing），结合全微生物组关联分析（Microbiome-Wide Association Studies，MWAS）的策略，分别从DNA/RNA水平，全面精细地展示整个微生物群落的物种组成谱、功能代谢谱、表达谱，进而从原理上阐明微生物群落在生态系统中发挥...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2021
04-26

XMind 2021 v11.0.0绿色版

软件介绍 XMind 2021 正式发布，这款全新的思维导图和头脑风暴软件，2021版优化了结构采用全新设计、主要新增了演说模式、提供多种不同结构和配色风格供选择、增加了更多主题形状、支持修改多种图片样式。 XMind是一款专业的全球领先的商业思维导图软件，在国内使用广泛，拥有强大的功能、包括思维管理、商务演示、与办公软件协同工作等功能。它采用全球先进的EclipseR...阅... 阅 读 全 部 >
2021
02-15

Photoshop 2021 v22.2.0

软件介绍 Adobe Photoshop（简称PS）是全球最流行的图像处理软件，知名图像及照片后期处理大型专业软件。Adobe Photoshop 是 Adobe Creative Cloud 创意云里的专业图片处理编辑软件产品，Photoshop 是数字图象处理的业界标准，提供广泛的专业润饰工具套件，并集成了专门为激发灵感而设计的强大编辑功能。 软件截图更新日志&a... 阅 读 全 部 >
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