大肠杆菌和金黄色葡萄球菌是引起奶牛乳腺炎的主要病原体，前者可引起强烈的免疫炎症反应而促进自愈，后者则通常缺乏炎症反应。目前对金葡菌抑制免疫反应的机制研究尚且不足。近期，浙江大学动物病理实验室谭勋老师团队在 Cells 期刊发表了题为“大肠杆菌和金葡菌差异调控 Nrf2 通路导致牛乳腺上皮细胞发生不同免疫炎症反应”的文章。研究团队采用转录组学分析后发现，大肠杆菌和金葡菌差异调控 Nrf2 ...阅读... 阅 读 全 部 >
作者：卢平 编辑：Yuki 从数十亿年前的原始单细胞生物开始，地球生命的演化之路就充满着革新：细胞核形成——有性生殖发生——多细胞生命出现——组织分化——器官形成——由海生到陆生……在枝繁叶茂的生命之树上，无数新的功能和结构让众多物种能够适应不同的环境和资源，各居其位。而所有这些创新的根源，几乎都来自于每个细胞中的一套基因组中。 基因组本身是DNA分子长链，可比作一串ATCG四种碱基组合排列... 阅 读 全 部 >
使用Perseus软件进行1D和2D annotation enrichment分析某天，小编在某篇蛋白组学文献中看到这么一个分析，称为2D annotation enrichment的方法。作者使用2D annotation enrichment比较了自己的蛋白组数据集和先前研究中蛋白组数据集的蛋白表达的差异，并将这种差异关联到富集的通路上进行比较，以阐述二者的一致性和区别。图B是2D...阅读... 阅 读 全 部 >
生信分析中我们经常会做KEGG和GO富集分析，一般拿到结果后就想到用柱状图展示pathway的富集情况。比如下面这样：如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文插图瞬间提示一个档次，比如像这样：下面我们就来看一下如何使用Cytoscape中的Clue...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
使用R语言clusterProfiler包进行KEGG富集分析（有参分析）我们在前面的视频教程中，为大家讲述了GO、KEGG富集分析的基本原理，并展示了如何使用DAVID进行GO富集在线分析的过程，详情请添加微信公众号查看“没想到基因GO富集分析这么简单”。本节继续以R语言clusterProfiler包中的方法为例，展示如何进行KEGG富集分析。下文使用的测试数据和R代码等，可添...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
近几十年，系统生物学慢慢走近科研者的视野，主要着眼于研究细胞信号转导、基因调控网络、生物系统组成。多组学联合分析可以由表及里，解析直接原因和根本原因，深入阐释作用机理。在多组学的联合应用中，最终都要落脚到功能注释和通路富集分析，其中基于通路富集分析的图形展示丰富多样，通过此分析可找到与研究相关的通路、关键基因/代谢物，以便进行后续的数据挖掘。进行富集分析的软件有很多，本篇主要安利一下cluster... 阅 读 全 部 >
在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天就来介绍一下如何使用在线分析工具DAVID与KOBAS的进行KEGG通路富集分析。操作步骤进入DAVIDhttps://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp上传基因列表选择物种开始分析选择转换选择格式，按照ENTREZ_GENE_ID转... 阅 读 全 部 >
前段时间，我们对显著差异转录本Pathway富集进行了解读，。今天，我们再来看看GO分析，以及相关图表的意义。预备知识1：转录本是什么？转录组测序的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。转录组de novo测序是指在不需要物种基因组序列信息的情况下，用新一代高通量测序技术对某一物种特定组织或器官在某一状态下的转录本进行测序、组装得到转录本序列信息。基...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
近几十年，系统生物学慢慢走近科研者的视野，主要着眼于研究细胞信号转导、基因调控网络和生物系统的组成。多组学联合分析可以由表及里，解析直接原因和根本原因，深入阐释作用机理。在多组学的联合应用中，最终都要落脚到功能注释和通路富集分析，其中基于通路富集分析的图形展示丰富多样，通过此分析可找到与研究相关的通路、关键基因/代谢物，以便进行后续的数据挖掘。小鹿在往期文章中，向大家推荐过一个代谢...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
日前，小鹿为各位代谢组学老师推荐了一款代谢组学分析“神器”MetaboAnalyst网站（详情请戳实用锦囊：MetaboAnalyst代谢组学分析工具实操） ，MetaboAnalyst网站链接: https://www.metaboanalyst.ca/ ）。相信不少老师对这款工具已经有了初步了解~~本期，小鹿为大家带来进阶版教程，以代谢组学通路富集功能为主要切入点 ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >