日前，小鹿为各位代谢组学老师推荐了一款代谢组学分析“神器”MetaboAnalyst网站（详情请戳实用锦囊：MetaboAnalyst代谢组学分析工具实操），MetaboAnalyst网站链接: https://www.metaboanalyst.ca/ ）。相信不少老师对这款工具已经有了初步了解~~

本期，小鹿为大家带来进阶版教程，以代谢组学通路富集功能为主要切入点，分步骤为各位老师详解MetaboAnalyst的代谢通路富集功能如何快速，简便地完成数据分析、实现可视化？小鹿以图文的形式详述，只需3分钟，Get一项新技能，给您的代谢组学文章添点彩吧~~

多种方式输入的ID

图1 | 多种方式输入ID

如图1MetaboAnalyst网站支持多种方式输入ID：MetaboAnalyst网站提供代谢物名称、HMDB ID、KEGG ID 三种ID的输入，可以免除代谢物多种ID之间互相查询，转换的困扰。

算法与数据库选择

图2 | 算法的选择

富集分析的算法包含以下两种：超几何检验和fisher精确检验；

其中拓扑分析也有两种选项（点度中心性degree和中介中心性betweenness）。

注释：代谢组的富集分析要用到拓扑分析，拓扑分析旨在根据给定基因或代谢物在途径中的位置来评估其是否在生物学反应中起重要作用；

数据库的选择有：pathway数据库,可以根据实验物种来选择映射物种。

图3 | 数据库操作

如图3选择默认的Use all即可。

代谢通路分析结果

图4 | 代谢通路富集气泡图

图4为代谢通路富集气泡图，纵轴是log(p)值，横轴是pathway impact，是基于拓扑分析进行的权重计算（It is calculated adding up the importance measures of each of the matched metabolites and then dividing by the sum of the importance measures of all metabolites in each pathway.）

简单来说，这个pathway impact越大越好，处于气泡图右上角的pathway是最为可信的。

同时，图4可以通过点击气泡查看代谢物名字以及对应的pathway，可以通过点击pathway名字直接连接进入KEGG官网。(如图5)

图5 | 点击进入的KEGG官网