2023
01-16
01-16
Pacbio全长转录组测序
全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台的转录组研究，无需打断，直接读取反转录的全长cDNA,能够有效的获取高质量的单个RNA分子的全部序列，准确辨别二代测序无法识别的同源异构体（isoform）、同源基因、超家族基因或等位基因表达的转录本。 分析内容 结...阅读全文... 阅 读 全 部 >
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全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台的转录组研究，无需打断，直接读取反转录的全长cDNA,能够有效的获取高质量的单个RNA分子的全部序列，准确辨别二代测序无法识别的同源异构体（isoform）、同源基因、超家族基因或等位基因表达的转录本。 分析内容 结...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2022
10-07
10-07
快速拿捏KEGG/GO/Reactome/Do/MSigDB的GSEA富集分析！
经典功能富集分析可戳：《KEGG富集分析及可视化，一把子拿捏！》 《GO富集分析及可视化，一把子拿捏！》通过KEGG、GO等经典富集分析，我们能够了解到阈值筛选出的差异基因参与的通路和具备的功能，以及哪些功能/通路对表型变化是可能起主导作用的。但在经典富集分析中，我们无法得知某条通路下差异基因的总体变化趋势，即富集到同一通路下的基因既又上调也有下调，那么这条通路的表现形式到底是被激...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
10-06
10-06
ClusterProfiler在线基因集富集分析，支持自定义基因集、任意物种
为什么pathway富集分析结果没有我感兴趣的通路？GO和KEGG富集分析使用差异基因（上调基因，下调基因，或者上下调合起来的基因）作为输入，使用超几何分布等算法计算显著富集的GO term或者通路，然而，在实际数据处理中，这种使用p值和fold change进行一刀切获得差异基因，然后进行富集分析的分析方法，往往富集不到我们感兴趣的结果。这时，可以试试基因集富集分析（Gene set ...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
06-29
06-29
高逼格生信绘图神器 —ClueGO
GO和KEGG分析是最常用的生信分析方法，在SCI论文中也经常见到，那么你能想到的GO和KEGG分析结果的展示方法有哪些呢？条形图：饼状图：表格：相比于上面这些，这样的网络图展示起来是不是立马提升了几个档次：首先讲一下如何获取这一利器，ClueGO和CluePedia是Cytoscape的APP，点开Cytoscape的Apps菜单，找到这两个APP把它们下载安装了。然后你就能在A...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
06-29
06-29
KEGG富集分析从未如此简单
考虑到很多做实验的小伙伴对很多生物信息学概念不是很了解，受实验小白的委托，我给大家写了一个非常简单的工具：KEGG富集分析KEGG是干嘛的捏？我这么跟你说吧：人类的七千多个基因组都是有已知功能的，KEGG把这七千多个基因分成了300个类，就是我们通常说的kegg通路；比如，我现在做了个实验，发现某细胞系里面的两万个基因里面有300个基因变化了，那这300个基因会涉及到KEGG数据库的哪几个通路？这... 阅 读 全 部 >
2022
06-29
06-29
如何用Pathview画出高大上的基因与代谢通路热图？
Pathview是一个可视化KEGG通路的R包，它会在线从KEGG网站上下载KEGG通路，并进行个性化处理，例如填上不同的颜色。今天就来分享一下如何用Pathview画出高大上的基因与代谢通路热图。基因热通路图在此之前现在R中把必要的包安装好，并加载上if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages(...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
06-29
06-29
选感兴趣的基因，自行绘制KEGG代谢通路注释图！
本文转自组学大讲堂，侵删KEGG数据库应该是我们最常见的、使用频率最高的数据库之一了，它是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。是国际最常用的生物信息数据库之一。在KEGG分析结果中，总还是有人分不清例如K01000和ko01000这样的编号的生物学意义，下面我给大家再介绍一遍：K01000：由大写K+五位数字组成，对应... 阅 读 全 部 >
2022
06-26
06-26
3分钟搞定GO/KEGG富集分析
在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS 3.0。DAVID是一个生物信息数据库，其整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路...... 阅 读 全 部 >
2022
06-23
06-23
信号通路的富集（KEGG）
使用R语言clusterProfiler包进行KEGG富集分析（有参分析）我们在前面的视频教程中，为大家讲述了GO、KEGG富集分析的基本原理，并展示了如何使用DAVID进行GO富集在线分析的过程，详情请添加微信公众号查看“没想到基因GO富集分析这么简单”。本节继续以R语言clusterProfiler包中的方法为例，展示如何进行KEGG富集分析。下文使用的测试数据和R代码等，可添...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
06-23
06-23
用clusterProfiler做GO、KEGG富集分析
寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。很明显，这些差异的基因必然与功能改变密切相关，例如，比较患病个体与正常个体的组织表达谱，不难想到这些显著失调的基因参与了生物学过程、信号通路等，导致了疾病的发生。前面已经讲了如何使用DESeq2、edgeR基于转录组测序获得的基因表达值鉴定差异表达基因。那么，后续如何继续通过生信分析的方法，探索差异表达的基因发挥...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
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