科研数据分析中，如何知道你的差异基因或得到的基因列表富集在什么组织中？今天分享的TissueEnrich包可以轻松帮你解答这个问题。我们一起来学习一下这个R包。文章发表TissueEnrich包简介TissueEnrich包用于计算一组输入基因中的组织特异性基因富集程度。例如，用户可以输入RNA-Seq数据中表达量最高的基因或基因共表达模块，以确定在这些数据集中的基因富集到了哪些组...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
经典功能富集分析可戳：《KEGG富集分析及可视化，一把子拿捏！》 《GO富集分析及可视化，一把子拿捏！》通过KEGG、GO等经典富集分析，我们能够了解到阈值筛选出的差异基因参与的通路和具备的功能，以及哪些功能/通路对表型变化是可能起主导作用的。但在经典富集分析中，我们无法得知某条通路下差异基因的总体变化趋势，即富集到同一通路下的基因既又上调也有下调，那么这条通路的表现形式到底是被激...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
各位医学方的朋友，大家好，我们你们的老朋友Flyman，时隔许久，今天我们又和大家见面了。今天我们和大家分享一下大家司空见惯的话题基因通路富集分析。谈到富集分析，大家首先会想到Y叔叔写的神包clusterprofiler，几行代码轻松搞定，目前主流的富集分析的算法寻找相关通路本质就是一个超几何分布，那我们今天剖析的GSEA算法则和超几何分布是略有不同。GSEA全称是 gene-set enrich... 阅 读 全 部 >
为什么pathway富集分析结果没有我感兴趣的通路？GO和KEGG富集分析使用差异基因（上调基因，下调基因，或者上下调合起来的基因）作为输入，使用超几何分布等算法计算显著富集的GO term或者通路，然而，在实际数据处理中，这种使用p值和fold change进行一刀切获得差异基因，然后进行富集分析的分析方法，往往富集不到我们感兴趣的结果。这时，可以试试基因集富集分析（Gene set ...阅读... 阅 读 全 部 >
Cytoscape是一个优秀的生物软件平台，可以完成很多的生物学分析，我们可以使用cytoscape中的bingo插件，完成模式物种的GO富集分析。首先，打开cytoscape，安装bingo插件运行bingo输入保存名称输入差异基因输入检验方式与阈值输入要聚类的条目选择物种保存运行，得到富集结果可以看到，颜色越深，代表越显著，圆圈越大，代表富集到的基因越多颜色表示的数值可以将网络图导出...阅读... 阅 读 全 部 >