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2022
06-28

大牛带你复现STRING数据库构建PPI，cytoscape软件筛选hub基因

你还在为找不到课题方案而焦虑吗，复现一篇论文吧！你还在为找不到研究思路而苦恼吗，复现一篇论文吧！你还在为找不到数据方法而悔恨吗，复现一篇论文吧预计阅读时间4分钟。。。。。刚来的小伙伴不要慌了哈，小助理选的一直是同一篇论文只不过用的是不同方法进行复现一千种方法练一次不如一种方法练一千次进步的第一步就是敲下...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
06-27

老司机带你解锁蛋白质互作网络分析

蛋白质互作网络是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系，对了解生物系统中蛋白质的工作原理，了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制，以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。那么如何分析蛋白质互作网络？如何发现复杂网络的关键蛋白和子网络？如何使用马尔科夫（MCL）... 阅 读 全 部 >
2022
06-25

Cytoscape：强大的pathway分析可视化工具

生信分析中我们经常会做KEGG和GO富集分析，一般拿到结果后就想到用柱状图展示pathway的富集情况。比如下面这样：如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文插图瞬间提示一个档次，比如像这样：下面我们就来看一下如何使用Cytoscape中的Clue...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
04-02

Cytoscape：庞大的相互作用网络出图神器

作者：麦子（转载请注：解螺旋·医生科研助手）在生信分析里，各种物质相互作用网络（interaction network）的研究也很丰富，数据比较复杂。今天安利的Cytoscape就是一个专用于互作网络数据可视化的软件，比如蛋白-蛋白相互作用（Protein-Protein interaction, PPI）：还有mRNA–microRNA相互作用：反正就这个意思，这些图不加说明的...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
2022
04-02

Cytoscape：强大的pathway分析可视化工具

生信分析中我们经常会做KEGG和GO富集分析，一般拿到结果后就想到用柱状图展示pathway的富集情况。比如下面这样：如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文插图瞬间提示一个档次，比如像这样：下面我们就来看一下如何使用Cytoscape中的Clue...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >