Cytoscape：强大的pathway分析可视化工具

生信分析中我们经常会做KEGG和GO富集分析，一般拿到结果后就想到用柱状图展示pathway的富集情况。比如下面这样：

如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文插图瞬间提示一个档次，比如像这样：

下面我们就来看一下如何使用Cytoscape中的ClueGO和CluePedia插件。

Step1：安装Cytoscape

Cytoscape依赖于最新版本的java，安装前需要先安装好java8。

Cytpscape软件可以在官网下载：http://www.cytoscape.org/download.php。

下载完成后双击图标既可以按照提示完成安装，就不具体介绍了。

Step2：安装ClueGO和CluePedia插件

安装完成后，打开Cytoscape。在主界面中选择Apps-App Manager，在弹出的对话框中分别搜素ClueGo和CluePedia并安装这两个插件，安装过程需要联网。

ClueGO第一次使用还需要按照提示申请license，申请网址为； http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoLicense.shtml。点击Request a license key，填写基本信息之后提交审核，审核时间可能需要几天。拿到license之后点击App-ClueGO，在弹出的提示框中输入license即可激活ClueGO。

激活ClueGO

Step3：使用Cytoscape进行pathway富集分析及可视化

如下图所示，在ClueGO+CluePedia面板中选择相应的参数，并将需要分析的基因列表粘贴到3的方框中，点击start开始分析。

右上角的面板中会显示下图这样的pathway关系图，展示富集出来的显著差异的pathway及其之间的关系，右下角的面板会展示pathway的P值信息：

下面，我们还需要用CluePedia对上面得到的图进行优化调整，并且显著基因在pathway中的富集情况。在右下角的面板中点击CluePedia选项，下面有一行选项可以改变网络的展示形式，并且显著基因与pathway之间的联系。之后便可以得到包含基因的pathway图。可以使用鼠标对edge进行微调，也可以在Layout中进一步调整图片展示形式。