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2022
10-04

高通量生信分析结果报告（微生物）

我们拿到测序的数据后，首先根据barcode区分每个样本，然后进行生信分析。这里先抛个砖，简单说说生信分析,下面以细菌为例说明我们的分析结果。生物信息分析流程主要分为6大步：n 序列优化n 优化序列OTU聚类及注释n OTU分析及注释物种分析n 基于alpha多样性分析n 基于beta多样性分析n 差异分析详细流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
08-21

Microbiome | 植物促生菌诱导的DNA甲基化修饰在植物-微生物互作中的长期影响

发表期刊：Microbiome (IF=14.652)发表时间：2022.2合作单位：南京农业大学样本类型：土壤DOI: 10.1186/s40168-022-01236-9研究背景在土壤微生物中，植物生长促进细菌 (PGPB) 是工程微生物组应用于农业的重要环节，包括改善生物控制和植物生长，PGPB 可以加强植物的养分吸收或调节植物激素水平，或通过抑制各种病原体和增强免...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
07-09

16S从实验到数据分析最全流程

本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
06-27

干货篇|代谢组与微生物联合分析实战

微生物组测序 （主要指扩增子测序、全长扩增子测序与宏基因组测序）可提供细菌构成、基因丰度和功能性信息，可以解决“who is there”（那儿有谁）和“what are they doing”（在干嘛）的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决“what have really happened”（究竟发生了什么）的问题。生物科学研究过程复杂，单独和片面的单一组学无...阅读全... 阅 读 全 部 >
2022
06-27

微生物分析--R语言绘图篇1

前几期我们介绍了扩增子测序分析流程，包括：微生物群落组成分析，α多样性分析，β多样性分析。接下来几期将结合R语言将扩增子测序分析结果可视化，从而更直观地展现群落结构及丰度分布。R是一门用于统计计算和作图的语言，其强大的绘图功能主要由众多的图形函数来实现，包括：高级绘图函数，低级绘图函数，图形参数。本期主要介绍通过柱状图，热图，韦恩图实现对微生物群落组成分析的可视化。1. 柱状图输入文件：在OTU聚... 阅 读 全 部 >
2022
04-02

微生物多样性和代谢组联合分析新方法mmvec

这个春天注定让人印象深刻，新型冠状病毒的爆发和蔓延牵动着亿万同胞的心，虽然疫情防控严峻复杂，但全国人民万众一心，终于取得了一定的阶段性的成果。今天小欧就为即将复工战斗在科研一线的小伙伴们送上福利，介绍一篇由加州大学圣地亚哥分校儿科和微生物创新中心、加州大学计算机科学与工程系和质谱创新中心合作，于2019年11月发表在Nature methods 上题为Learning represent...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
03-23

宏基因组：扩增子测序常用数据库整理与介绍

微生物扩增子测序是研究微生物组成的重要方法，且成本较低，是许多课题组的首要选择。扩增子测序数据分析最主要的一个材料就是扩增子数据库，用来与测序数据进行比对，并进行物种注释，主要收录了微生物的16S，18S个ITS序列信息。扩增子数据库版本较多，本期就对主流的扩增子数据库进行一个详细的整理和介绍，以便大家选择使用。1. GreenGenes网址：http://greengenes.s...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021
10-26

Cell | 肠道微生物指纹：傅静远团队揭示个体肠道微生物的遗传物质特异性及长期稳定性

责编 | 兮 我们的肠道中定殖着与身体细胞数量相当的微生物，包括细菌、真菌等。不同个体肠道微生物组成存在着差异，且在诸如荷兰Lifelines、芬兰FINRISK、英国UKbiobank、比利时FGFP、美国HMP等大型人群队列研究中发现个体肠道微生物组成的差异与健康和疾病相关，包括心血管病、糖尿病、炎症性肠病、癌症等。然而个体间肠道微生物菌群组成及遗传结构可随着时间而变化，了...阅读... 阅 读 全 部 >
2021
10-25

Science“基因型到表型”特刊之三 | 微生物组是宿主新兴表型的来源

上发表题为Microbiomes as sources of emergent host phenotypes综述，在这篇综述中，作者回顾了有关宿主因素对微生物群落结构的贡献，以及微生物组对新兴宿主表型的相应影响。此外，作者还特别关注了动物行为，并将其作为理解微生物组在影响宿主神经生物学潜在作用的基础。  一、宿主决定因素 动物以多种方式...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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