❝分享100+数据库——涉及1）基因序列、表达、调控；2）蛋白质结构、功能、家族、互作和通路；3）代谢物；4）专业数据库——动植物、微生物、细菌、病毒；和5）疾病特异性数据库。序列数据库核酸序列数据库Nucleotide@NCBI – 来自多个来源的序列数据库，包括 GenBank、RefSeq、TPA 和 PDB。ENA@EBI – 欧洲核苷酸档案馆...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1. 超级增强子介绍超级增强子的概念于2013年由美国学者Richard A. Young及其团队首次提出。与调控范围通常在200-300个碱基对（bp）的普通增强子相比，超级增强子的显著特征在于其巨大的基因组跨度，通常可达8至20千碱基对（kb）甚至更长。 超级增强子区域结合多种转录因子，调控转录状态。超级增强子和普通增强子1.1 定义与发现发现历程：从普通增强子到超级增强子超级...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
在现代生命科学研究中，基因组数据 已成为不可或缺的资源。无论是基础研究还是转化医学，如何快速、准确地获取并解析基因组信息，直接决定着科研效率。在众多基因组数据库中，Ensembl 无疑是全球最常用、功能最全面的基因组浏览与注释平台之一。打开浏览器，输入 https://www.ensembl.orgEnsembl数据库1. 什么是 Ensembl？Ensembl 是由...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
在生物信息学研究中，多序列比对是解析生物序列功能和进化关系的重要工具之一。而 MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) 软件则是进行多序列比对和进化分析的经典工具之一，其强大的功能和可视化界面受到广大科研人员的青睐。本期，我们将手把手教大家如何下载和安装 MEGA 软件，并为接下来的生物信息分析打下基础！MEGA简介MEGA...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
特发性肺纤维化是一种慢性、进行性且最终致命的肺部疾病，其特征是肺功能不可逆性恶化，主要发生于50岁及以上人群 ［ 1］。其病因及发病机制尚不明确，目前认为与遗传易感性、环境污染和职业暴露有关 ［ 2］。特发性肺纤维化早期发病隐匿，病情逐渐加重，确诊时大多为疾病晚期，诊断后中位生存期仅有2～3年，且有研究表明15%特发性肺纤维化患者最终发展为肺癌 ［ 3］。目前除肺移植外无任何其他治疗手段显示出生存... 阅 读 全 部 >
Python开发的方向太多了，有机器学习，数据挖掘，网络开发，爬虫等等。其实在生信领域，Python还显现不出绝对的优势，生信的大部分软件流程都是用shell或Perl写的，而且已经足够好用了。我选Python是因为我想顺便学点数据挖掘和机器学习的东西，而且Python这些年越来越火，发展势头远超其他脚本语言，所以学它肯定是没错的。一、入门标准入门比较难定义，什么程度才算入门呢？掌握基本的语法，熟... 阅 读 全 部 >
当归Angelica sinensis (Oliv.) Diels为伞形科多年生草本植物，干燥根是我国传统中药材，素有“十方九归”之称，具有补血活血、调经止痛、润肠通便等功效[1]。现代药理学研究表明，当归根中的有机酸类、挥发油类和多糖类等化学成分在消炎、抗癌和治疗心脑血管疾病等方面具有显著效果[2]。目前，当归年需求量超3万t，年种植面积达4.35万hm 2[3-4]。然而，当归在第2年肉质根成... 阅 读 全 部 >
这一节里，我们来看一下独立资源的几个例子。一个很重要的资源是蛋白三维结构数据库 Protein DataBank （PDB）。我们这门课里对于蛋白三维结构的计算和预测讲的很少，但这其实也是非常重要的资源和研究方向。Protein DataBank现在主要是由Rutgers和UC Sandiego共同来管理。它目前共有9万多，将近10万的三维结构，包括8万多的X-r...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
ChIP测序中关键的结果图，这些结果即体现了ChIP实验和测序的成功，可以帮助我们了解目的蛋白的结合甚至调控特征，都是撰写文章可以利用的极佳素材。说了这么多好像还是不太会用，没关系，我们结合发表的文章，让它们一较高下。1. Peak在TSS上下游的分布图这张图实际包括两部分，上部整体展示了基因转录起始位点（TSS）及上下游的input和IP的reads的覆盖深度分布，可以看出结合峰...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
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