在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。之前，在基迪奥生物的微信公众号分享过32个常用的生信在线工具，广受欢迎，这里再补充16个。基因结构绘制1.Exon-Intron Graphic Maker工具链接：http://www.wormweb.org/exonintronRNA二级结构2.Mfold工具链接：h...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
高通量序列比对文件一般可以使用服务器查看，但是如果没有服务器，我们该如何查看呢？这时，就该Tablet软件出场了！操作步骤我们首先下载安装好Tablet软件首先，我们准备好高通量序列比对的结果文件，可以是以下格式。BAMSAMACEAFGMAQSOAPAligner这里，我们以BAM文件为例，首先，点击open这里，我们准备好BAM文件和基因组注释GTF文件打开后，可以看到CONTIG界面，我们可... 阅 读 全 部 >
前面我们所给出的各个例程一般都是在单台计算机上直接使用 mpiexec 或 mpirun 执行的，但是在实际应用中，对规模比较大的高性能计算任务，一般会提交到集群或超级计算机平台上进行计算。集群系统具有低成本、高性能的特性，提供了强大的批处理和并行计算能力，代表了高性能计算机发展的新方向。在集群或者超级计算机平台上，一般不能随意地直接以 mpiexec 或 mpirun 运行我们的并行计...阅读... 阅 读 全 部 >
前期的推文中我们介绍了一种基于末端标签序列研究染色质交互作用的方法（ChIA-PET），本期中，我们再介绍一种应用更加广泛的染色质三维结构信息捕获方法——Hi-C.一、Hi-C技术的发展一提到Hi-C，我们不得不先说下它的老祖宗，3C，即Chromosome Conformation Capture。2002年，Job Dekker团队在《Science》发文，首次报道了利用Nuc...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
整理自：https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper/wiki/Metagenomics-standard-operating-procedure-v2分析流程使用FastQC软件对原始数据进行质量检测，其结果包括reads各位置的碱基质量值分布、碱基的总体质量值分布、reads各个位置上碱基分布比例、GC含量分布、reads各个...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据 fastq 之外，还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 gtf 格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如 bed 、 bed12 、 sam 、 bam 、 wig 、 bigwig 、 bedgraph 等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下...阅读全文... 阅 读 全 部 >
物种分析作为微生物群落研究的核心，决定了文章最终是否能够揭示分组差异的微生物响应/驱动机制。今天，我跟大家分享一篇非常有特色的物种分析案例，文章通过多种高级分析方法，找到了可以指示珊瑚生态系统扰动的微生物。期刊 2019 Microbiome IF=10.465研究背景不论是局部区域还是全球尺度，珊瑚生态系统都面临着前所未有的压力。虽然微生物对珊瑚礁稳定性和功能的重要贡献已被广泛认知，但不同的珊瑚... 阅 读 全 部 >
LEfSe分析，可以分析组间菌群差异，可以找出各组间特异的主要菌群，有助于开发biomaker等研究。其实我们自己也可以进行Lefse分析，只需要按照要求整理好相应的表格即可，下文是具体步骤及示例数据，大家可以自行进行尝试。数据准备输入文件环境样本丰度表，处理的格式如下图所示：数据摘抄于网上。第一行：以氧含量区分的名字第二行：以组织部位的样本名字第三行：代表编号第四行：是分类水平的最高级，依次往下... 阅 读 全 部 >
微生物多样性分析中最基础、最重要的文件为OTU table，几乎所有的后续分析，如alpha多样性分析，beta多样性分析，差异分析等等都是基于OTU table展开的。因此理解OTU table的含义和来路，对微生物多样性分析至关重要。下面我们就来介绍一下OTU table是怎么样一步一步得来的，及其注意事项。建库测序步骤： 16s/18S/ITS rRNA测序首先需要提取环境样品的DNA，..... 阅 读 全 部 >