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2022
09-29

解读！测序中的常用名词

利用生物信息分析大数据在论文发表中占据了举足轻重的地位，尤其是在高通量测序越来越便宜的今天，但是测序分析中各种名词仍令很多小菜或非生物信息专业的人抓狂。哈哈，不用怕，看了小编今天的文后，这些都不是事儿！先来介绍几个概念性名词：1.高通量测序: 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十...阅... 阅 读 全 部 >
2022
07-16

5千字带你了解2021年联川全转录组生信内容大升级！

全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和。与常规转录组相⽐，通过构建链特异转录组⽂库和⼩RNA⽂库的全转录组测序可以同时获得mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA四种类型的RNA信息，对其进⾏种类鉴定、定量、差异分析和RNA互作整 合分析。⽬前单⼀的mRNA或ncRNA研究可能⽆法满⾜科研需求，通过全转录组测序和联合多种RNA的整合分析可以更全⾯的解析转录..... 阅 读 全 部 >
2022
07-10

【转录组学】LncRNA鉴定思路与软件比较分析

1.非编码RNA简介非编码RNA是一类被认为不具备编码能力RNA，目前已知的已经有十多种，主要包括了：小RNA(sRNA) <40nt、小干扰RNA、miRNA(18-24nt)、长非编码lncRNA(>200nt)、核糖体RNA、核小RNA、核仁小RNA等等。随着人们认知的逐渐深入，发现这些非编码RNA在转录调控上发挥着重要的作用，并且其他部分同样具有编码...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
06-25

高逼格生信绘图神器 —ClueGO

GO和KEGG分析是最常用的生信分析方法，在SCI论文中也经常见到，那么你能想到的GO和KEGG分析结果的展示方法有哪些呢？条形图：饼状图：表格：相比于上面这些，这样的网络图展示起来是不是立马提升了几个档次：首先讲一下如何获取这一利器，ClueGO和CluePedia是Cytoscape的APP，点开Cytoscape的Apps菜单，找到这两个APP把它们下载安装了。然后你就能在Apps...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

【学科发展报告】生物信息学

一、引言生物信息学是信息与系统科学和生命科学高度交叉的前沿学科，是自动化学科群中的重要部分，包括计算生物学、系统生物学与合成生物学等方向。生物信息学涉及多个学科领域，信息、控制与系统的理论、方法和技术在其中发挥着重要作用，同时，它也把控制科学与工程的研究对象从机械、电子、物理、化学等系统扩展到了以分子和细胞为基本元件的生命系统。本专题报告从信息科学视角对 2013 — 2017 年我国在生物信..... 阅 读 全 部 >
2022
05-22

48个实用的生信在线工具

在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。之前，在基迪奥生物的微信公众号分享过32个常用的生信在线工具，广受欢迎，这里再补充16个。基因结构绘制1.Exon-Intron Graphic Maker工具链接：http://www.wormweb.org/exonintronRNA二级结构2.Mfold工具链接：h...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022
05-05

没有服务器想快速查看高通量比对数据？Tablet可以帮你

高通量序列比对文件一般可以使用服务器查看，但是如果没有服务器，我们该如何查看呢？这时，就该Tablet软件出场了！操作步骤我们首先下载安装好Tablet软件首先，我们准备好高通量序列比对的结果文件，可以是以下格式。BAMSAMACEAFGMAQSOAPAligner这里，我们以BAM文件为例，首先，点击open这里，我们准备好BAM文件和基因组注释GTF文件打开后，可以看到CONTIG界面，我们可... 阅 读 全 部 >
2021
12-22

PBS 作业管理系统使用总结

前面我们所给出的各个例程一般都是在单台计算机上直接使用 mpiexec 或 mpirun 执行的，但是在实际应用中，对规模比较大的高性能计算任务，一般会提交到集群或超级计算机平台上进行计算。集群系统具有低成本、高性能的特性，提供了强大的批处理和并行计算能力，代表了高性能计算机发展的新方向。在集群或者超级计算机平台上，一般不能随意地直接以 mpiexec 或 mpirun 运行我们的并行计...阅读... 阅 读 全 部 >
2021
11-16

功能基因组学研究利器——Hi-C

前期的推文中我们介绍了一种基于末端标签序列研究染色质交互作用的方法（ChIA-PET），本期中，我们再介绍一种应用更加广泛的染色质三维结构信息捕获方法——Hi-C.一、Hi-C技术的发展一提到Hi-C，我们不得不先说下它的老祖宗，3C，即Chromosome Conformation Capture。2002年，Job Dekker团队在《Science》发文，首次报道了利用Nuc...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
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