ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq分析教程系列ATAC-Seq分析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq分析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq分析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
一、根底知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序办法1. 探究染色质的敞开性（chromatin accessibility）ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencingDNase-seq: DNase I hypersensitive sites sequencingFAIRE-s...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
理解ChIP-Seq到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。也就是相同的DNA, RNA，蛋白质经过一定的修饰后会使得生物性状发生了改变。...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
前语ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求有必要有2次或更多次生物学重复（非常珍贵或者稀有样本除外，但有必要做至少2次技能重复）。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性，实际情况并不完全与预期一致。怎么点评重复样本的重复性的好坏？怎么得到一致性的peaks?这一节将介绍两种办法：1. 用Bedtools进行简略的overlap合并...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
我们拿到测序的数据后，首先根据barcode区分每个样本，然后进行生信分析。这里先抛个砖，简单说说生信分析,下面以细菌为例说明我们的分析结果。生物信息分析流程主要分为6大步：n 序列优化n 优化序列OTU聚类及注释n OTU分析及注释物种分析n 基于alpha多样性分析n 基于beta多样性分析n 差异分析详细流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
利用生物信息分析大数据在论文发表中占据了举足轻重的地位，尤其是在高通量测序越来越便宜的今天，但是测序分析中各种名词仍令很多小菜或非生物信息专业的人抓狂。哈哈，不用怕，看了小编今天的文后，这些都不是事儿！先来介绍几个概念性名词：1.高通量测序: 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十...阅... 阅 读 全 部 >
全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和。与常规转录组相⽐，通过构建链特异转录组⽂库和⼩RNA⽂库的全转录组测序可以同时获得mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA四种类型的RNA信息，对其进⾏种类鉴定、定量、差异分析和RNA互作整 合分析。⽬前单⼀的mRNA或ncRNA研究可能⽆法满⾜科研需求，通过全转录组测序和联合多种RNA的整合分析可以更全⾯的解析转录..... 阅 读 全 部 >