ircRNA、lncRNA、miRNA等调控性ncRNA可通过与protein、RNA或DNA分子互作，发挥其多样化的调控功能。如何搞定调控性ncRNA研究方案？----四步足以。第一步确定ncRNA研究目标一般可通过以下三种方法，确定研究目标：（1）通过查阅文献，寻找线索，嫁接研究对象，照猫画虎；（2）通过生物信息学，分析挖掘GEO、TCGA等数据库相关数据，发现潜在研究目标；（3）通过RNA测... 阅 读 全 部 >
论文：Peripheral whole blood lncRNA expression analysis in patients with eosinophilic asthma（嗜酸粒细胞哮喘患者外周血INcRNA表达分析）MRNA和INcRNA的DGE分析我们分析了外周全血的转录组。电针组与对照组之间的表达模式有显着性差异。用2倍的表达差异作为截止点，共有41份incRNA转录...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
lncRNA功能和机制的研究，成为了现如今科学界的“新宠”。超高的关注率，说明在这个领域能发表一篇高水准的科学论文，需要付出更多的努力和超前的思路。今天，就为大家带来Nature Genetics的一篇关于lncRNA的文章，让小编给大家一步步解释作者是如何通过整合公共数据库的结果，验证了作者的科学假设，发表了大N G。简单介绍：论文题目：Modulation of long no...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
对于乳腺癌来说，MALAT1到底是抑制了转移还是促进了转移呢？今天就以发表在Nature Genetics这篇“Long noncoding RNA MALAT1 suppresses breast cancer metastasis”文章为切入点，说的是lncRNA MALAT1抑制乳腺癌的转移，问题是大部分文章是说MALAT1促进乳腺癌等肿瘤的转移。到底哪里出问题了呢? 之所以会出现促进转移的... 阅 读 全 部 >
对增强子、超级增强子相关研究作个汇总。1 增强子鉴定寻找目标增强子是研究增强子的第一步，也是引出下游分析及试验的开端。那么，如何寻找基因组中潜在的增强子区域呢？组蛋白修饰的ChIP-seq分析组蛋白修饰能预测染色质的类型、区分基因组功能元件，例如H3K4me1、H3K27ac通常在增强子区域存在富集。一般而言，当增强子区只有H3K4me1富集时，该增强子处于平衡...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
增强子是真核生物中关键的顺式作用基因调控元件，能有效地促进基因表达。它们可以通过作为转录因子和辅助因子的结合平台来维持转录的精确控制。超级增强子是由一簇典型增强子串联组成的具有更强转录调控能力的顺式元件。而全基因组分析发现增强子和超级增强子可以普遍进行转录，产生eRNA和SE-lncRNA。它们都具有组织表达特异性，而且在影响增强子活性和其他不同机制来调控着基因表达。这两年e...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
肝细胞癌（HCC）是一种高死亡率的原发性肝癌。而在我国，HCC是最常见的恶性肿瘤之一，难发现又易转移、易复发，患者五年内生存率低。HCC常见的转移位置包括肺和骨骼，转移到骨骼的HCC会干扰成骨和碎骨过程的平衡，造成溶骨性病变：HCC转移到骨骼后，旁分泌多种细胞因子，诱导破骨细胞前体细胞分化，最终形成成熟破骨细胞。而在溶骨的过程中，伴随着多种生长因子和钙离子的释放，又促进了癌细胞的扩张和增殖。传统治... 阅 读 全 部 >
lncRNA如何预测其靶基因？整个流程可以用两句话总结：将IP与input进行callPeak的结果与已知lncRNA进行相交，将交集得到的lncRNA进一步查找其附近具有功能的Protein-coding基因，随后对这些基因进行功能富集分析。 如下图所示，流程图展示了如何使用RNA数据进行lncRNA的查找与其靶基因功能注释，IGV则将这个过程找到的基因进行可视化。流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度大于200nt的非编码RNA，其在转录沉默、转录激活、染色体修饰、核内运输等均具有重要的功能。一、lncRNA的简介不同的lncRNA参与多种生物学进程RNA是以一条DNA链为模板，以碱基互补配对原则转录形成的单链。RNA分为mRNA、miRNA、tRNA、rRNA、ncRNA等。非编码RNA包含短链非编码RNA和长链非编码RNA。起初，lncRN...阅... 阅 读 全 部 >
一、研究背景lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而，有文献研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程。lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。西班牙IMIM(Hospital del Mar Medical Research Institute)和加泰... 阅 读 全 部 >